LSF作業(yè)管理系統(tǒng)使用方法

1、LSF作業(yè)管理系統(tǒng)使用方法LSF作業(yè)管理系統(tǒng)使用方法8/8LSF作業(yè)管理系統(tǒng)使用方法頁(yè)眉內(nèi)容LSF作業(yè)管理系統(tǒng)使用方法這份文檔將指導(dǎo)您經(jīng)過(guò)LSF提交和管理作業(yè)。文檔包含了使用LSF提交、查察、刪除作業(yè)的相關(guān)內(nèi)容。依據(jù)文檔的操作規(guī)范和反響方法，將幫助您順利完成工作。也歡迎大家對(duì)文檔內(nèi)容提出建議，感謝！Contentshide1經(jīng)過(guò)LSF查察集群運(yùn)行狀態(tài)1.1查察LSF計(jì)算節(jié)點(diǎn)列表bhosts1.2查察LSF隊(duì)列bqueues1.3查察計(jì)算節(jié)點(diǎn)負(fù)載lsload2使用LSF提交作業(yè)bsub2.1手動(dòng)提交作業(yè)2.2交互式批量提交2.3編寫(xiě)LSF作業(yè)控制腳本2.4一個(gè)功能更圓滿的LSF作業(yè)控制腳本其他作

2、業(yè)管理操作3.1查察作業(yè)狀態(tài)bjobs3.2停止作業(yè)bkill3.3監(jiān)察作業(yè)輸出bpeek3.4作業(yè)歷史信息bhist4參照資料Birthday頁(yè)眉內(nèi)容經(jīng)過(guò)LSF查察集群運(yùn)行狀態(tài)查察LSF計(jì)算節(jié)點(diǎn)列表bhosts#bhostsHOST_NAMESTATUSJL/UMAXNJOBSRUNSSUSPUSUSPRSVfat01ok-1600000fat02ok-1600000fat03ok-1600000fat04ok-1600000fat05ok-1600000fat06ok-1600000fat07ok-1600000fat08ok-1600000fat09ok-1600000fat10ok-1

3、600000查察LSF隊(duì)列bqueues查察所有隊(duì)列的整體信息：#bqueuesQUEUE_NAMEPRIOSTATUSMAXJL/UJL/PJL/HNJOBSPENDRUNSUSPcpu40Open:Active2072020720fat40Open:Active0000gpu40Open:Active28802880Birthday頁(yè)眉內(nèi)容mic40Open:Active0000cpu-fat40Open:Active160160查察某個(gè)隊(duì)列的信息：#bqueuesfatQUEUE_NAMEPRIOSTATUSMAXJL/UJL/PJL/HNJOBSPENDRUNSUSPfat40Open

4、:Active0000查察計(jì)算節(jié)點(diǎn)負(fù)載lsload查察整體負(fù)載：#lsloadHOST_NAMEstatusr15sr1mr15mutpglsittmpswpmemnode011ok0.00.30.40%0.0049024193G62G61Gnode039ok0.00.60.50%0.0049024194G62G61Gnode041ok0.00.00.00%0.0049024194G62G61Gnode050ok0.00.00.00%0.0049024194G62G60Gnode064ok0.00.70.60%0.0049024194G62G61Gnode077ok0.00.70.50%0.0

5、049024194G62G61G查察某個(gè)節(jié)點(diǎn)的負(fù)載：#lsloadnode001HOST_NAMEstatusr15sr1mr15mutpglsittmpswpmemnode001ok0.30.10.11%0.00332152G62G61G使用LSF提交作業(yè)bsub手動(dòng)提交作業(yè)Birthday頁(yè)眉內(nèi)容LSF使用bsub提交作業(yè)。bsub命令的格式是：bsub-nZ-qQUEUENAME-iINPUTFILE-oOUTPUTFILECOMMAND其中：Z提交作業(yè)需要的線程數(shù)，-q指定作業(yè)提交的隊(duì)列。若是不增加-q選項(xiàng)，系統(tǒng)將把作業(yè)提交到默認(rèn)的作業(yè)隊(duì)列。INPUTFILE表示程序需要讀入的文件名，

6、OUTPUTFILE表示輸出文件名，作業(yè)提交后的輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出信息將會(huì)保存在這個(gè)文件中。對(duì)于串行作業(yè)，COMMAND可以直接使用您的程序名。比方，將串行程序mytest的經(jīng)過(guò)LSF提交：bsub-n1-qq_default-omytest.out./mytest對(duì)于MPI并行作業(yè)，COMMAND的格式為-ampich_gmmpirun.lsfPROG_NAME。比方，將并行程序mytest，經(jīng)過(guò)LSF提交，使用16個(gè)線程運(yùn)行這個(gè)作業(yè)：bsub-n16-qq_default-omytest.out-ampich_gmmpirun.lsf./mytest交互式批量提交使用bsub還可以啟動(dòng)一個(gè)交互

7、式的shell環(huán)境，一次提交多個(gè)運(yùn)行參數(shù)相同的并行作業(yè)。比以下面的操作：bsubbsub-n16bsub-qq_defaultbsub-ooutput.txtbsubCOMMAND1bsubCOMMAND2bsubCOMMAND3等價(jià)于：Birthday頁(yè)眉內(nèi)容bsub-n16-qq_default-ooutput.txtCOMMAND1bsub-n16-qq_default-ooutput.txtCOMMAND2bsub-n16-qq_default-ooutput.txtCOMMAND3編寫(xiě)LSF作業(yè)控制腳本#BSUB-n16#BSUB-qq_default#BSUB-ooutput.tx

8、t-ampich_gmmpirun.lsf./mytestbsub還接受來(lái)自標(biāo)準(zhǔn)輸入的作業(yè)說(shuō)明。因此，我們可以編寫(xiě)LSF腳本提交作業(yè)。bsub腳本簡(jiǎn)單易寫(xiě)，上面一段代碼是名為bsub.script的圓滿例子，將bsub.script經(jīng)過(guò)輸入重定向，提交給LSF：bsub&/dev/nulltouchnodelisttouchnodesNP=0forhostinecho$LSB_MCPU_HOSTS|sed-es/:/g|seds/:n/nn/gdoecho$hostnodelistecho$host|cut-d:-f1nodesnn=echo$host|cut-d:-f2NP=echo$NP+$nn|bcdone其他作業(yè)管理操作查察作業(yè)狀態(tài)bjobs檢查已提交的作業(yè)的運(yùn)行狀態(tài)：bjobs以寬格式來(lái)顯示作業(yè)運(yùn)行狀態(tài)：bjobs-w顯示所有作業(yè)：bjobs-a顯示正在運(yùn)行的作業(yè)：bjobs-r顯示等待運(yùn)行(pending)的作業(yè)和等待的原因：bjobs-pBirthday頁(yè)眉內(nèi)容顯示已經(jīng)掛起(suspending)的作業(yè)和掛起的原因：bjobs-s顯示JOBID這個(gè)作業(yè)的所有信息：bjobs-lJOBID停止作業(yè)bkill停止不需要的作業(yè)：bkill停止JOBID這個(gè)作業(yè)：bkillJOBID直接將作業(yè)JOBID從LSF中移除，而不等待該作業(yè)的進(jìn)度在操