lvthw-草稿bader計算最近群里有人在問電荷分析的問題這里將分

1、最近，群里有人在問 bader 電荷分析，在這里，將 bader 分析的基本流程，以及本人寫的一個后處理的一下，希望大家不要再糾纏這個問題了。參考：第一步：優(yōu)化自己的體系結(jié)構(gòu)第二步：bader 電荷分析的計算部分：1）2）將前面優(yōu)化完的 CONTCAR 重命名為設(shè)置 INCAR：LAECHG=.TRUE. LCHARG = .TRUE. NSW = 0IBRION = -1CAR3）4）Kpos 可以用之前優(yōu)化計算的，也可設(shè)置的稍微大些。WAVECAR，CHGCAR 等有的話就讀一下（在第二步加上讀它們的相關(guān)參數(shù)）。沒有就不讀了，這個無關(guān)緊要。但是，如果你的體系很難收斂的時候，建議保留上一步的

2、WAVECAR 以便節(jié)省計算時間，如果沒有的話電子步數(shù)適當(dāng)增加（NELM=500）。第三步：獲取 VTST 的1）：（用到里面的 chgsum.pl 這個）nx_64.tar.gz（bader 處理的）到 /bin 文件夾中。2）3）將前面的內(nèi)容解壓，然后如果后面運行的時候遇到權(quán)限問題：執(zhí)行：od u+x/bin/chgsum.pl od u+x/bin/bader第四步：使用 VTST 的處理結(jié)果進(jìn)入計算的目錄下面chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2注意： AECCAE0 和 AECCAE2 是由 LAECHG=.TRUE.這個參數(shù)控制輸出的。如果你計算沒有得到這兩個文件，仔細(xì)

3、檢查一下這個參數(shù)。運行這個命令：你會得到類似這樣的輸出結(jié)果：結(jié)束后，你會得到 CHGCAR_sum 這個文件。3） bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum注意：1） 圖中大師兄不把 CHGCAR 刪掉了所以沒辦法呈現(xiàn)完整的流程。放圖上去只是想告訴大家，命令是正確的。2） 如果你在服務(wù)器上運行，得到了這樣的錯誤。FATAL: kernel too old Segmenion fault那么，你需要將計算到本地電腦上（由于 CHGCAR 等文件很大，該過程比較，需要忍一會兒），然后用自己的電腦運行這個命令。（前提是電腦有 linux 系統(tǒng)，沒有的話，我也沒辦法。）命令結(jié)束后，你會

4、得到一些相應(yīng)輸出的文件：ACF.dat, BCF.dat, AVF.dat4） 本人一般 查看的是 ACF.dat 文件：（以 SiH4 為例）如下圖：ACF.dat 文件中，第一列的數(shù)字對應(yīng)的是CAR 中的原子順序。每個原子的電荷對應(yīng)的是 CHARGE 那一列。注意，該列中的電荷是該原子價層電子中的電子總數(shù)。如果你想要知道這個原子是帶正電或者負(fù)電荷，需要減去 POTCAR 中的電子數(shù)目。圖中 Si 為第一個原子：有 1.58 個電子 ，減去 POTCAR 中的 4，為-2.42。表明 Si 失去了電子。2.42 個電子分別轉(zhuǎn)移到了 4 個 H 上面。每個 H 有 1+2.42/4 = 1.6 個電子。第五步： 得到任意原子的電荷信息。如果你對自己體系中的某一個或者某些特定的原子感者已經(jīng)導(dǎo)出來的 excel 文件。那么可以通過使用下面這個，又不想每次打開 ACF.dat 文件或提取相關(guān)的電荷信息。1）運行如下圖：命令： get-charge.py 后面加上你感的原子序數(shù)注意：A)B)目前只支持一個,如果想查看多個，可以運行該命令若干次，或者使用一個 for 循環(huán)即可使用該命令前，請務(wù)必確認(rèn)自己所關(guān)注的原子在通過 p4vasp 查看。CAR 中的序數(shù)，如果不知道，可以2)內(nèi)容如下：原理：