introduction to pipeline pilot在處理數(shù)據(jù)中的一些應(yīng)用

1、Introduction to Pipeline PilotPresenter: Yibo LiPPT: HU J.PP在處理數(shù)據(jù)中的一些應(yīng)用HU Jianxing索引PP簡介工作流程基本編程知識(shí)PilotScript簡介處理實(shí)際問題一些其他模塊Pipeline Pilot簡介節(jié)點(diǎn)式處理數(shù)據(jù)可視化輸出報(bào)告和結(jié)果靈活編輯修改高度的邏輯性Pipeline Pilot工作流程Componet1Componet2Viewer or WriterComponet3Componet4Viewer or WriterComponet5PilotScript簡介PilotScript是一種Oracle的PL/

2、SQL數(shù)據(jù)庫語言，可以對(duì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行高度自定義的操作。PilotScript主要用在Custom Manipulator和Custum Filter兩個(gè)Component上，它支持?jǐn)?shù)學(xué)計(jì)算、布爾變量、日期和字符、屬性操作、循環(huán)操作和Debug。Pilot Script編程基礎(chǔ)知識(shí)變量數(shù)值與字符條件循環(huán)函數(shù)及返回值編程基礎(chǔ)知識(shí)-變量變量（variable）是相對(duì)于常量（constant）而言的,意思就是可變化的量。在邏輯語句中，參與運(yùn)算或者是被操作而改變值的變量可以反映操作的進(jìn)程、結(jié)果，或者對(duì)其他變量進(jìn)行影響。在Pipeline Pilot中，變量以作用域的不同分為兩種，即全局變量（GlobalV

3、ariables）和局部變量（Local Variables）,分別用“”和“#”符號(hào)來定義。Eg. Protein_path:=d:databasepdb #Number_mol_passed:=$pass編程基礎(chǔ)知識(shí)-字符與數(shù)值在任何一個(gè)編程語言中，字符與數(shù)值類型的變量在處理方式上幾乎都會(huì)有一些區(qū)別。字符可以轉(zhuǎn)化成ASCII碼（INT）,但是字符串的操作往往不能通過數(shù)值的計(jì)算來實(shí)現(xiàn)自定義，這一點(diǎn)在使用過程中要注意！編程基礎(chǔ)知識(shí)-條件輸入條件判斷執(zhí)行1執(zhí)行2編程基礎(chǔ)知識(shí)-條件If條件語句在PP中的基本形式為If condition1 Treatment1;Else if condition2

4、 Treatment2;Else Treatment3;End if;編程基礎(chǔ)知識(shí)-循環(huán)循環(huán)是一個(gè)邏輯性較強(qiáng)的處理語句。一個(gè)典型的for循環(huán)如下：Resize(a, 5);For i in 1 . 5Loop ai:= i;End loop;Int a5;For(int i=0;i5;i+) ai= i;編程基礎(chǔ)知識(shí)-循環(huán)Resize(a,5);i:=1;While i500 and molecular_weight3 and drug_groups like%approved% 2. rename(generic_name,drugname); keep(DRUGBANK_ID,drugna

5、me,drug_groups);解決實(shí)際問題4.給form_merge/all.sdf加一個(gè)屬性gpid，命名為Drugbank，并加入屬性名LA，若分子量小于500,把molecular_weight中的值賦給LA，否則，把GENERIC_NAME賦給LA，結(jié)果只保留gpid和和LA兩個(gè)屬性。解決實(shí)際問題提示： gpid:=drugbank;if molecular_weight 500then LA:=molecular_weight;elseLA:=GENERIC_NAME;end if;keep(gpid,LA);解決實(shí)際問題5.把form_mergeall.sdf中和（form_mergePrestwick Chemical Library.sdf、CheChEBI_lite_3star_2012.sdf）重復(fù)的分子去掉，保留來源于all.sdf中的分子