ncbi使用手冊

1、NCBI資源介紹 本文目錄：NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)簡介 NCBI站點地圖 NCBI癌癥基因組研究 NCBICoffeeBreak NCBI基因和疾病 NCBIUniGene ClusterofOrthologousGroupsofproteins（COG）介紹 GeneExpressionOmnibus（GEO）介紹 LocusLink介紹 關(guān)于RefSeq：NCBI參考序列 NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)簡介介紹理解自然無聲但精妙的關(guān)于生命細(xì)胞的語言是現(xiàn)代分子生物學(xué)的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學(xué)亞基的字母表，出現(xiàn)了生命過程的語法，其最復(fù)雜形式就是人類。闡明和使用

2、這些字母來組成新的“單詞和短語”是分子生物學(xué)領(lǐng)域的中心焦點。數(shù)目巨大的分子數(shù)據(jù)和這些數(shù)據(jù)的隱秘而精細(xì)的模式使得計算機化的數(shù)據(jù)庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰(zhàn)在于發(fā)現(xiàn)新的手段去處理這些數(shù)據(jù)的容量和復(fù)雜性，并且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。國立中心的建立后來的參議員Claude Pepper意識到信息計算機化過程方法對指導(dǎo)生物醫(yī)學(xué)研究的重要性，發(fā)起了在1988年11月4日建立國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）的一個分支。NLM是因為它在創(chuàng)立和維護(hù)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫方面的經(jīng)驗被選擇的

3、，而且這可以建立一個內(nèi)部的關(guān)于計算分子生物學(xué)的研究計劃。NCBI的任務(wù)是發(fā)展新的信息學(xué)技術(shù)來幫助對那些控制健康和疾病的基本分子和遺傳過程的理解。它的使命包括四項任務(wù)：建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動系統(tǒng) 實行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計算機的信息處理的，先進(jìn)方法的研究 加速生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。 全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力。 NCBI通過下面的計劃來實現(xiàn)它的四項目的：基本研究 NCBI有一個多學(xué)科的研究小組包括計算機科學(xué)家，分子生物學(xué)家，數(shù)學(xué)家，生物化學(xué)家，實驗物理學(xué)家，和結(jié)構(gòu)生物學(xué)家，集中于計算分

4、子生物學(xué)的基本的和應(yīng)用的研究。這些研究者不僅僅在基礎(chǔ)科學(xué)上做出重要貢獻(xiàn)，而且往往成為應(yīng)用研究活動產(chǎn)生新方法的源泉。他們一起用數(shù)學(xué)和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫(yī)學(xué)問題。這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結(jié)構(gòu)的預(yù)測。目前研究計劃的一些代表是：檢測和分析基因組織，重復(fù)序列形式，蛋白domain和結(jié)構(gòu)單元，建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動力學(xué)數(shù)學(xué)模型，數(shù)據(jù)庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開發(fā)新的數(shù)據(jù)庫搜索和多重序列對齊算法，建立非冗余序列數(shù)據(jù)庫，序列相似性的統(tǒng)計顯著性評估的數(shù)學(xué)模型，和文本檢索的矢量模型。另外，NCBI研究者還堅持推動與NIH內(nèi)部其他研究所及許多科學(xué)院和政府的研究

5、實驗室的合作。數(shù)據(jù)庫和軟件在1992年10月，NCBI承擔(dān)起對GenBank DNA序列數(shù)據(jù)庫的責(zé)任。NCBI受過分子生物學(xué)高級訓(xùn)練的工作人員通過來自各個實驗室遞交的序列和同國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（EMBL和DDBJ）交換數(shù)據(jù)建立起數(shù)據(jù)庫。同美國專利和商標(biāo)局的安排使得專利的序列信息也被整合。GenBank是NIH遺傳序列數(shù)據(jù)庫，一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學(xué)實驗室的DNA數(shù)據(jù)庫共同構(gòu)成了國際核酸序列數(shù)據(jù)庫合作。這三個組織每天交換數(shù)據(jù)。GenBank以指數(shù)形式增長，核酸堿基數(shù)目大概每14個月就翻一個倍。最近，GenBank擁有來自47,000個物

6、種的30億個堿基。孟德爾人類遺傳（OMIM），三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB），唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖譜，分類學(xué)瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃（CGAP）。Entrez是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列，定位，分類，和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的搜索和檢索系統(tǒng)。Entrez同時也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個用以整合NCBI數(shù)據(jù)庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數(shù)據(jù)庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結(jié)構(gòu)，全基因組，和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個強大和獨特的特點是檢索相關(guān)的序列，結(jié)構(gòu)，和參考文獻(xiàn)的能力。雜志文

7、獻(xiàn)通過PubMed獲得，PubMed是一個網(wǎng)絡(luò)搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜志引用的訪問，包含了鏈接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點的全文文章。 BLAST是一個NCBI開發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段。BLAST能夠在小于15秒的時間內(nèi)對整個DNA數(shù)據(jù)庫執(zhí)行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚鳎∣RF Finder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數(shù)據(jù)庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務(wù)器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數(shù)據(jù)庫一種可選方法。教育和訓(xùn)練 NCBI通過贊

8、助會議，研討會，和系列演講來培養(yǎng)在應(yīng)用于分子生物學(xué)和遺傳學(xué)的計算機領(lǐng)域的科學(xué)交流。一個科學(xué)訪問學(xué)者項目已經(jīng)成立，來培養(yǎng)同外部科學(xué)家的合作。作為NIH內(nèi)部的部分研究項目，也提供博士后工作位置。NCBI站點地圖-關(guān)于Database的一般介紹 GenBank Overview基本信息 什么是GenBank？GenBank是一個有來自于70,000多種生物的核苷酸序列的數(shù)據(jù)庫。每條紀(jì)錄都有編碼區(qū)（CDS）特征的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬于一個序列數(shù)據(jù)庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。 紀(jì)錄樣本 - 關(guān)于GenBank的各個字段的詳細(xì)描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

9、 訪問GenBank - 通過Entrez Nucleotides來查詢。用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術(shù)語來查詢。關(guān)于Entrez更多的信息請看下文。用BLAST來在GenBank和其他數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行序列相似搜索。用E-mail來訪問Entrez和BLAST可以通過Query和BLAST服務(wù)器。另外一種選擇是可以用FTP下載整個的GenBank和更新數(shù)據(jù)。 增長統(tǒng)計 - 參見公布通知的（每個分類的統(tǒng)計），（每個物種的統(tǒng)計），（GenBank增長）小節(jié)。 公布通知，最新 - 最近和即將有的變化，GenBank的分類，數(shù)據(jù)增長統(tǒng)計，GenBa

10、nk的引用。 公布通知，舊 - 同上相同，是過去公布的統(tǒng)計。 遺傳密碼 - 15個遺傳密碼的概要。用來確保GenBank中紀(jì)錄的編碼序列被正確的翻譯。 （向）GenBank提交（數(shù)據(jù)） 關(guān)于提交序列數(shù)據(jù)，收到accession number，和對紀(jì)錄作更新的一般信息。 BankIt - 用于一條或者少數(shù)條提交的基于WWW的提交工具軟件。（請在提交前用VecScreen去除載體） Sequin - 提交軟件程序，用于一條或者很多條的提交，長序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交?？梢元毩⑹褂?，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以鏈接到其他N

11、CBI的資源和軟件比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體） ESTs - 表達(dá)序列標(biāo)簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自于差異顯示和RACE實驗的cDNA序列。 GSSs - 基因組調(diào)查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 HTGs - 來自于大規(guī)模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類的HTG序列可以同時在GenBank和Human Genome Sequencing頁面上訪問。） STSs - 序

12、列標(biāo)簽位點。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點。 注：SNPs - 人類的和其他物種的遺傳變異數(shù)據(jù)可以提交到NCBI數(shù)據(jù)庫的單核苷酸多態(tài)性庫中（dbSNP）。 國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫合作組織 GenBank，DDBJ，EMBL - 合作計劃的概述，并鏈接到相應(yīng)的主頁。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）數(shù)據(jù)庫共享的數(shù)據(jù)是每天都交換的，因此他們是相等的。數(shù)據(jù)紀(jì)錄的格式和搜索方式可能會不一樣，但是accession number，序列數(shù)據(jù)和注解都是一

13、模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應(yīng)紀(jì)錄，得到的結(jié)果是完全一樣的序列數(shù)據(jù)，參考內(nèi)容等等。DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 特性表格式和標(biāo)準(zhǔn)被合作數(shù)據(jù)庫用在序列記錄的注釋上，使得數(shù)據(jù)共享成為可能，包括詳細(xì)的描述生物特性和特性限定語的附錄，以及IUPAC規(guī)定的核苷酸和氨基酸的代號。 FTP GenBank and Daily UpdatesGenBank普通文件格式 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細(xì)描述，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積累或非積累更新數(shù)據(jù)。ASN.1格式 摘要句法記號1

14、，國際標(biāo)準(zhǔn)組織（ISO）數(shù)據(jù)表示格式，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積累或非積累更新數(shù)據(jù)。 FASTA格式 定義行號后只跟隨序列數(shù)據(jù)（示例），參見描述數(shù)據(jù)庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸數(shù)據(jù)庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白質(zhì)），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。 核酸序列Entrez核酸 用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語來搜索核酸序列記錄（在GenBank

15、+ PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數(shù)據(jù)，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 dbEST 表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自于差異顯示和RACE實驗的cDNA序列。 dbGSS 基因組調(diào)查序列的數(shù)據(jù)庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序

16、列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 dbSTS 序列標(biāo)簽位點的數(shù)據(jù)庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點。 dbSNP 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復(fù)單元，和微衛(wèi)星變異。 完整的基因組 參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。 UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的人類基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下

17、載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載。 人類UniGene 小鼠UniGene 大鼠UniGene 斑馬魚UniGene BLAST 將你的序列同核酸庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細(xì)的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分） 蛋白序列 Entrez蛋白 用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語來搜索蛋白序列記錄（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數(shù)據(jù)，也可使用Batch Entrez（批

18、量Entrez）。 RefSeq NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。Curated, 非冗余集合包括基因組DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 FTPGenPept 下載“genpept.fsa.Z”文件，這個文件包含了從GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過來的FASTA格式的氨基酸序列，這些記錄都有一到兩個CDS特性的描述。 完整基因組 參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，

19、瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。 Entrez基因組 提供了一個編碼區(qū)的概要和各種物種的分類表（TaxTable）。編碼區(qū)概要列出了在基因組中所有的的蛋白，并提供鏈接到FASTA文件和BLAST。分類表總結(jié)了蛋白BLAST分析的結(jié)果，建議他們的可能功能，并用顏色編碼的圖來顯示物種同其它物種之間的關(guān)系（參見下面Genomes和Maps,部分Entrez基因組的一般描述） FTP基因組蛋白 從ftp站點的genbank/genomes目錄下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。參見readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。 PROW W

20、eb上的蛋白資源，關(guān)于大約200種人類的CD細(xì)胞表面分子的簡短官方向?qū)?。互相檢索，為每個CD抗原提供大約20中標(biāo)準(zhǔn)信息的分類（生化功能，配體，等等） BLAST 將你的序列同蛋白庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細(xì)的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分） 結(jié)構(gòu) 結(jié)構(gòu)主頁 關(guān)于NCBI結(jié)構(gòu)小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB）和用來搜索和顯示結(jié)構(gòu)的相關(guān)工具。 MMDB：分子模型數(shù)據(jù)庫 一個關(guān)于三維生物分子結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫，結(jié)構(gòu)來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brookhaven蛋白數(shù)據(jù)庫（PDB）三維結(jié)構(gòu)的一部分，排除了

21、那些理論模型。MMDB重新組織和驗證了這些信息，從而保證在化學(xué)和大分子三維結(jié)構(gòu)之間的交叉參考。數(shù)據(jù)的說明書包括生物多聚體的空間結(jié)構(gòu)，這個分子在化學(xué)上是如何組織的，以及聯(lián)系兩者的一套指針。利用將化學(xué)，序列，和結(jié)構(gòu)信息整合在一起，MMDB計劃成為基于結(jié)構(gòu)的同源模型化和蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測的資源服務(wù)。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage來顯示。另外，數(shù)據(jù)庫中類似的結(jié)構(gòu)已經(jīng)被用VAST確認(rèn)，新的結(jié)構(gòu)可以用VASTsearch來同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較。 Cn3D “See in 3-D”， 一個用于NCBI數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和序列相似顯示工具，它允許觀察3-D結(jié)構(gòu)和序列

22、結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)同源比較。Cn3D用起來就象你瀏覽器上的一個幫助工具。 VAST 矢量同源比較搜索工具一個在NCBI開發(fā)的計算算法，用于確定相似的蛋白三維結(jié)構(gòu)。每一個結(jié)構(gòu)的“結(jié)構(gòu)鄰居”都是預(yù)先計算好的，而且可以通過MMDB的結(jié)構(gòu)概要頁面的鏈接訪問。這些鄰居可以用來確認(rèn)那些不能被序列比較識別的遠(yuǎn)的同源性。 VAST 搜索 結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)相似搜索服務(wù)。比較一個新解出的蛋白結(jié)構(gòu)和在MMDB/PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)的三維坐標(biāo)。VAST搜索計算一系列可能會被交互瀏覽的結(jié)構(gòu)鄰居，用分子圖形來觀察重疊和同源相似。 分類學(xué) NCBI的分類數(shù)據(jù)庫主頁 關(guān)于分類計劃的一般信息，包括分類資源和同NCBI分類學(xué)家合作的外部管理

23、者的列表。 分類瀏覽器 搜索NCBI的分類數(shù)據(jù)庫，包括大于70000個物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數(shù)據(jù)庫中有一條核酸或蛋白序列。可以檢索一個特定種或者更高分類（如屬，科）的核酸，蛋白，和結(jié)構(gòu)記錄。如果有新物種的序列數(shù)據(jù)被放到數(shù)據(jù)庫中，這個物種就北加到（分類）數(shù)據(jù)庫中。NCBI的分類數(shù)據(jù)庫的目的是為序列數(shù)據(jù)庫建立一個一致的種系發(fā)生分類學(xué)。 文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫概要 PubMed 一個關(guān)于生物醫(yī)藥科學(xué)的檢索系統(tǒng)，包括引用，摘要，和雜志的索引術(shù)語。它包括直接由出版商提供給NCBI的文獻(xiàn)引用以及鏈接到在出版商網(wǎng)址上的全文的URLs。 PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內(nèi)容。它還

24、包括一些被MEDLINE認(rèn)為超出范圍的文章和雜志，（這些文章或雜志）由于內(nèi)容或在某一時期不在索引范圍內(nèi)。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。 雜志瀏覽器 允許你去查找收錄到PubMed系統(tǒng)的雜志的名字，MEDLINE的縮寫，或ISSN號碼。 PubRef（開發(fā)中） 一個關(guān)于來自于廣大范圍的科學(xué)雜志的數(shù)目記錄，和鏈接到出版商網(wǎng)址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了來自其它學(xué)科的雜志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。這個計劃的啟動是因為NAS要求為科學(xué)領(lǐng)域的電子雜志提供一個“白皮書”服務(wù)。 PubMed中心（開發(fā)中） PubMed中心是一個無障礙的NI

25、H資源，用于在生命科學(xué)領(lǐng)域中同業(yè)互查的基礎(chǔ)研究報告。從2000年一月開始接受雜志文章。所有在PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引服務(wù)中列出的雜志提供，或者在編輯委員會中擁有3個以上有主要資金機構(gòu)的研究經(jīng)費的擁有人的雜志提供。 OMIM 在線人類孟德爾遺傳經(jīng)常更新的人類基因和遺傳失調(diào)的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫。 書籍 同書籍出版商合作NCBI為網(wǎng)絡(luò)改編了教科書，并把他們鏈接到PubMed生物醫(yī)藥書目數(shù)據(jù)庫。這是為了給PubMed提供背景信息，這樣使用者可以探究在PubMed搜索結(jié)果中不熟悉的概念。目前收錄的書有： Molecular Biology

26、of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing. 外部鏈接 一個登記服務(wù)，用于建立從在Entrez中的特定的文章，雜志，或生物數(shù)據(jù)到外部網(wǎng)址的鏈接。第三方可以提供一個URL，資源名字，關(guān)于他們網(wǎng)址的簡要的描述，和關(guān)于從NCBI數(shù)據(jù)的哪里他們希望建立鏈接的詳細(xì)說明。這個詳細(xì)說明可以用對Entrez有效的布爾查詢來寫，也可以用特定的文章或序列的標(biāo)志列表來寫。這樣NCBI PubMed的用戶將可以通過“NCBI小房間”服務(wù)（開發(fā)

27、中）來選擇哪個外部鏈接在他們的搜索中是可見的。 引用匹配 允許你找到任何一篇在PubMed數(shù)據(jù)庫中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID，給出書目信息（雜志，卷，頁碼等）。 單篇文章的引用匹配。 許多文章的批量引用匹配。 E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或許多文章。如果要獲得幫助文件，給citation_寫一封只有內(nèi)容為HELP的E-Mail。 Genomes and Maps OverviewEntrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒，和真核細(xì)胞器。 Entrez基因組（各種

28、物種） Entrez基因組 超過800種在GenBank中被完整測序的物種，包括大于500種病毒，25種細(xì)菌，酵母，和許多viroids，質(zhì)粒，和細(xì)胞器。還包括正在進(jìn)行中的基因組，比如人，小鼠，線蟲，瘧原蟲，果蠅，利什曼原蟲，水稻，和玉米。提供完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細(xì)化的區(qū)域。也提供那些已經(jīng)被NCBI工作人員分析過的物種的編碼區(qū)的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因組的一個軟件組成部分，提供整合的果蠅（細(xì)胞遺傳學(xué)和序列圖譜）和人類（細(xì)胞遺傳學(xué)，遺傳連鎖，序列，放射雜交，和其它圖譜）的染色體圖譜的瀏覽。 通過每個物種的E

29、ntrez基因組頁面來下載350kb的基因組。 通過NCBI ftp站點來下載350kb的基因組參見在genbank/genomes目錄下的readme文件，ftp鏈接在每個物種的Entrez基因組頁面上也有。 NCBI站點地圖-Human Genome人類基因組數(shù)據(jù)介紹向?qū)?人類基因組資源向?qū)?可用的人類基因組數(shù)據(jù)資源概覽。包括關(guān)于人類基因組的公告和進(jìn)展報告和提供對以前分離的數(shù)據(jù)的集中訪問。 人類基因組序列數(shù)據(jù)的狀態(tài) 描述了目前在GenBank中的數(shù)據(jù)的范圍，包括完成的和草圖高通量基因組序列數(shù)據(jù)的討論。染色體 人類基因組測序 每一條染色體，概述了人類基因組計劃的測序進(jìn)展（圖示和統(tǒng)計）。提供對

30、基因組序列數(shù)據(jù)的訪問，也有鏈接到參與的國際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出的參考文獻(xiàn)。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被顯示出來，以表示組成他們的GenBank中的記錄的成分，或者那些由e-PCR確定的位于其上的STS標(biāo)記。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來組裝起來，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過程，并給于一個NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細(xì)說明見HTG網(wǎng)頁。 Entrez圖譜瀏覽器 整合的染色體圖譜圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個軟件組成部分，用

31、來顯示一個或多個用共同標(biāo)記或基因名字互相align過的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過的序列圖譜。在人類基因組數(shù)據(jù)和搜索技巧文件中有關(guān)于20種序列，細(xì)胞遺傳，遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個工具的一般說明。 FTP 每個染色體都有一個文件目錄包含各種格式的完成的基因組contig（NT_*記錄）： hs_chr*.asn ASN.1 格式 (description above) hs_chr*.fna.gz FASTA 格式(description above) hs_chr*.gbk.gz GenBank flat file 格式 （目前

32、注解包括STS標(biāo)記，已知和預(yù)期的基因?qū)⒈辉趯韼讉€月中加入） hs_chr*.gbs GenBank summary 格式 （這個格式不含有序列數(shù)據(jù)，但是包含一個“CONTIG”字段，表明這個contig是如何有獨立的GenBank記錄組裝起來的。） BLAST人類基因組序列數(shù)據(jù) BLAST人類染色體 將一個核酸或蛋白序列同已經(jīng)完成的HTG contig比較。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來組裝起來，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過程，并給于一個NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細(xì)說明見HTG

33、網(wǎng)頁。同人類染色體作BLAST是人類基因組測序頁面的一個組成部分。 BLAST htgs數(shù)據(jù)庫 將一個核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列（第0，1，2期）進(jìn)行比較（關(guān)于各期HTG序列的詳細(xì)說明見HTG網(wǎng)頁）。盡管htgs數(shù)據(jù)庫包含有來自許多物種的序列，你可以使用Advanced BLAST頁面來限定你的搜索只在人類。 BLAST gss數(shù)據(jù)庫 將一個核酸或蛋白序列同隨機的“單次（測序）閱讀”的基因組調(diào)查序列比較，如同cosmid/BAC/YAC末端序列，exon trap獲得的基因組序列，和Alu PCR序列。盡管gss數(shù)據(jù)庫包含有來自許多物種的序列，你可以使用Advanced BLAST頁面

34、來限定你的搜索只在人類。 基因 位點鏈接（LocusLink） 為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，同名，序列accesssion number，表型，EC號碼，OMIM號碼，Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點，物種可以被分開或合在一起查詢。 OMIM 在線人類孟德爾遺傳經(jīng)常更新的人類基因和遺傳失調(diào)的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫。

35、RefSeq NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的人類基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載。 序列 人類基因組測序 每一條染色體，概述了人

36、類基因組計劃的測序進(jìn)展（圖示和統(tǒng)計）。提供對基因組序列數(shù)據(jù)的訪問，也有鏈接到參與的國際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出的參考文獻(xiàn)。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被顯示出來，以表示組成他們的GenBank中的記錄的成分，或者那些由e-PCR確定的位于其上的STS標(biāo)記。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來組裝起來，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過程，并給于一個NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細(xì)說明見HTG網(wǎng)頁。 RefSeq NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列。校正的，

37、非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 Entrez 對GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB數(shù)據(jù)庫中的核酸和蛋白序列數(shù)據(jù)提供整合的訪問，同時提供對3D蛋白結(jié)構(gòu)，基因組圖譜信息和PubMed MEDLINE的訪問。Entrez包含了對每個數(shù)據(jù)庫記錄的預(yù)先計算好的相似搜索，產(chǎn)生一個相關(guān)序列，結(jié)構(gòu)，和MEDLINE記錄

38、的表。包括了來自70000個物種的序列數(shù)據(jù)，可以用物種字段來限制記錄只在人類搜索。 UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的人類基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載。 DbEST 表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫短的（300500bp）的cDNA序列，代表mRNA的單次（測序）閱讀。常常有大量的EST被測序，并代表了在一個給定的組織或一個給定的發(fā)育階段的基因表達(dá)的快照。同時包含了由CGAP計劃產(chǎn)生的ESTs，和來自差異顯

39、示及RACE實驗的序列。 克隆 克隆登記 由多方人類基因組測序中心使用的數(shù)據(jù)庫，用來記錄哪些克隆已經(jīng)被選來測序，哪些正在被測序，哪些已經(jīng)完成，哪些已經(jīng)被送到GenBank中去了。包括BACs, PACs, cosmids, fosmids。使用統(tǒng)一的克隆名字表示克隆在微量板上的位置（板號，行，和列），位置前面加上庫的縮寫，來產(chǎn)生唯一的名字。包括了克隆定購的信息。 基因組圖譜 Entrez基因組 鏈接到人類基因組測序站點的人類染色體視圖。Entrez基因組同時包括了一個人類線粒體的視圖（通過真核細(xì)胞器來訪問），可以查看完整情況或查看逐步詳細(xì)的信息。 Entrez圖譜瀏覽器 整合的染色體圖譜圖譜瀏

40、覽器是Entrez基因組的一個軟件組成部分，用來顯示一個或多個用共同標(biāo)記或基因名字互相align過的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過的序列圖譜。在人類基因組數(shù)據(jù)和搜索技巧文件中有關(guān)于20種序列，細(xì)胞遺傳，遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個工具的一般說明。 GeneMap99 35000個人類基因標(biāo)記的物理圖譜，由國際放射雜交圖譜聯(lián)合用一致的RH試劑和方法建成。提供了突出了染色體上關(guān)鍵標(biāo)志（富含基因區(qū)）的框架，從而加速了測序，代表了超過100名科學(xué)家的國際合作努力。 NCBI RH圖譜 NCBI整合的RH圖譜，包括來自GeneMap99的G3和

41、GB4的RH單子上的23723個標(biāo)記。這些標(biāo)記相對于1084個框架標(biāo)記（一個G3和GB4共同的子集）被繪制。所有的標(biāo)記被統(tǒng)一在GB4的尺度上。R. Agarwala et al.的文章提供了詳細(xì)的整合策略，以及評估整合圖譜質(zhì)量的方法。 Mitelman癌癥染色體變異摘要 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組范圍的人類癌癥中染色體斷裂位點圖譜。參見Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。 OMIM基因圖 被報道的和被許多定位方法決定的基因的細(xì)胞遺傳位點?？梢杂没虼?/p>

42、號或細(xì)胞遺傳染色體位點來搜索。可以從OMIM頁面上訪問。 OMIM致病圖 按字母排列的疾病和相應(yīng)的細(xì)胞遺傳圖位點，鏈接到OMIM的條目?？梢詮腛MIM頁面訪問。 人類/小鼠同源圖 University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區(qū)段DNA上基因的表，按在每個基因組上的位置排列。 繪制的標(biāo)記 dbSTS 序列標(biāo)簽位點的數(shù)據(jù)庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，因而可以確定在物理圖譜上的特定位置。 電子PCR（e-PCR） 找到一個查詢序列的假設(shè)位點圖。用于在DNA序列上發(fā)現(xiàn)STS位點計算過程。 GeneMap99 3500

43、0個人類基因標(biāo)記的物理圖譜，由國際放射雜交圖譜聯(lián)合用一致的RH試劑和方法建成。提供了突出了染色體上關(guān)鍵標(biāo)志（富含基因區(qū)）的框架，從而加速了測序，代表了超過100名科學(xué)家的國際合作努力。 人類基因組測序 繪制的標(biāo)記已經(jīng)用e-PCR自動被放到完成的HTG序列組成的contig上。標(biāo)記來源于dbSTS, GeneMap99（基于基因的標(biāo)記），Stanford G3 RH單子（又有基因標(biāo)記也有非基因標(biāo)記），Whitehead GB4 RH單子和YAC圖譜（又有基因標(biāo)記也有非基因標(biāo)記），Genethon遺傳圖譜，和一些染色體特異的圖譜，如NHGRI的7號染色體圖譜，Washington Universi

44、ty的X染色體圖譜。 OMIM基因圖 被報道的和被許多定位方法決定的基因的細(xì)胞遺傳位點?？梢杂没虼柣蚣?xì)胞遺傳染色體位點來搜索?？梢詮腛MIM頁面上訪問?；虮磉_(dá) CGAP cDNA表達(dá)譜 在UniGene簇和cDNA庫中的ESTs分布?？梢栽贑GAP頁面上訪問。 SAGEmap CGAP SAGE（Serial Analysis of Gene Expression）庫的差異顯示。也包含了對在人類GenBank記錄中的SAGE標(biāo)簽的完整分析，在人類GenBank記錄中一個UniGene的標(biāo)志被分配給了每個含有一個SAGE標(biāo)簽的人類序列 遺傳變異 dbSNP 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，包括SNP

45、s，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復(fù)單元，和微衛(wèi)星變異。DbSNP包含種族特異的頻率和基因型數(shù)據(jù)，實驗條件，分子上下文，及中性多態(tài)和臨床變異的定位信息。 OMIM 在線人類孟德爾遺傳約900個OMIM記錄的等位變異。為了查看這些OMIM記錄的列表，在等位變異字段上搜索“0001”?；蛘?，把一個疾病的名字同“0001”放到一起。如：Gaucher & 0001。 位點特異突變數(shù)據(jù)庫 從OMIM主頁和相關(guān)的LocusLink條目鏈接到許多外部數(shù)據(jù)庫。 失調(diào) 基因和疾病 介紹遺傳因素和人類疾病的關(guān)系。有約60種遺傳疾病的概要信息，以及鏈接到相關(guān)數(shù)據(jù)庫和組織。 Mitelman癌癥染色體變異摘要 由Drs

46、. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組范圍的人類癌癥中染色體斷裂位點圖譜。參見Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。 OMIM 在線人類孟德爾遺傳經(jīng)常更新的人類基因和遺傳失調(diào)的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫。 OMIM Morbid Map - alphabetical listing of diseases and corresponding cytogenetic map locations, with links to OMIM entri

47、es. Accessible from OMIM page (see Genes). OMIM致病圖 按字母排列的疾病和相應(yīng)的細(xì)胞遺傳圖位點，鏈接到OMIM的條目?？梢詮腛MIM頁面訪問。 癌癥研究 CCAP 癌癥染色體變異計劃計劃用來加速同惡性轉(zhuǎn)移相關(guān)的顯著染色體變異的定義和詳細(xì)的特征描述。 CGAP 癌癥基因組剖析計劃 交叉學(xué)科項目，目的是基于cDNA庫，鑒定在不同癌癥階段的人類基因表達(dá)，和決定正常，癌前和惡性細(xì)胞的分子表達(dá)譜。是NCI，NCBI和其它許多實驗室的合作。 Mitelman癌癥染色體變異摘要 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組

48、范圍的人類癌癥中染色體斷裂位點圖譜。參見Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。 SAGE分析 在癌癥庫中的SAGE標(biāo)簽的差異表達(dá)NCBI站點地圖-其他基因組數(shù)據(jù)介紹小鼠基因組 小鼠基因組資源向?qū)?把從各個中心來的各種小鼠相關(guān)的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 小鼠基因組測序 小鼠基因組計劃的測序進(jìn)展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來瀏覽）由測序中心的數(shù)據(jù)建立，可以contig或染色體的形式來下載。 小鼠UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA

49、序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載 位點鏈接（LocusLink） 為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位

50、點，物種可以被分開或合在一起查詢。 Entrez 包括了來自70000個物種的序列數(shù)據(jù)，可以用物種字段來限制記錄只在小鼠搜索。 人類/小鼠同源圖 University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區(qū)段DNA上基因的表，按在每個基因組上的位置排列。 大鼠基因組大鼠UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載

51、位點鏈接（LocusLink） 為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點，物種可以被分開或合在一起查詢。 斑馬魚基因組斑馬魚UniGene 被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的基因，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考。序列數(shù)據(jù)可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載 位點鏈接（LocusLink） 為校正過的序列和遺傳位點的描述信息提供一個單次查詢界面。LocusLink給每個位點發(fā)布一個穩(wěn)定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠