利用SeqMan進(jìn)行序列拼接

1、利用SeqMan進(jìn)行序列拼接簡(jiǎn)介 DNAStar是分子生物實(shí)驗(yàn)室常用的序列分析軟件。 該軟件由EditSeq， MegAlign，GeneQuest， MapDraw， PrimerSelect， Protean， SeqMan七個(gè)模塊組成，功能主要有：序列的格式轉(zhuǎn)換，序列拼接和重疊克隆群的處理；基因?qū)ふ遥坏鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)域的查找；多重序列的比較和兩兩序列比較；寡核苷酸設(shè)計(jì)（PCR引物，測(cè)序引物，探針）。SeqMan SeqMan主要用于多序列的拼接，可以將成千上萬(wàn)的序列（最多可以支持64000多序列）裝配成contigs，同時(shí)在拼接前，可以修整質(zhì)量差的序列以及清除自動(dòng)測(cè)序的序列結(jié)果中的污染序列或載

2、體序列。seqman還提供完善的編輯和輸出功能。點(diǎn)擊Add sequences查找并選中要拼接的序列點(diǎn)擊Add按鈕填加填加完后點(diǎn)擊done注：最好用測(cè)序的圖譜（*.abi)盡量不要直接用測(cè)序得到的序列(.seq)點(diǎn)擊Assemble按鈕12點(diǎn)擊拼接好的contig1Alignment of contig1 窗口中點(diǎn)擊 左三角顯示序列的測(cè)序圖譜 峰形規(guī)則，一般在序列的中部，如下圖所示 峰形較亂，很難判斷是哪個(gè)堿基，一般位于序列兩端， 如下圖所示 點(diǎn)擊菜單contig-strategy view可以觀察序列拼接的宏觀圖1勾勾選選Conflicts，可以看見(jiàn)測(cè)序序列中有沖突的地方，可以看見(jiàn)測(cè)序序列中

3、有沖突的地方 標(biāo)尺下面的條帶，顯示了序列的數(shù)量和覆蓋程度。條帶的顏色和厚度代表覆蓋序列的數(shù)量。中間的藍(lán)線表示只有一條鏈被測(cè)序的區(qū)域。出現(xiàn)于contig 兩邊的細(xì)紅線表示這個(gè)區(qū)域只測(cè)過(guò)一次序。 點(diǎn)擊菜單Edit -find conflict或Find Next查找接接中 出現(xiàn)的錯(cuò)誤 還可用左下角的快捷按鈕查找錯(cuò)誤的拼接1. 兩條序列的測(cè)序結(jié)果不一致并明顯一條測(cè)序質(zhì)量好而另一條質(zhì)量差 處理：直接將該處修改為正確的堿基錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型2. 兩條序列的測(cè)序結(jié)果不一致并兩條測(cè)序質(zhì)量都比較差 處理：重新測(cè)序或用新的合適引物重新測(cè)定錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型3. 兩條序列的測(cè)序結(jié)果不一致并明顯

4、兩條測(cè)序質(zhì)量都好 處理：測(cè)序過(guò)程出現(xiàn)問(wèn)題，重新測(cè)定錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型錯(cuò)誤拼接的類(lèi)型類(lèi)型類(lèi)型3 3 可選擇合適的格式，導(dǎo)出拼接好的序列123 通過(guò)以上幾步我們就能很快將幾個(gè)測(cè)序片段進(jìn)行拼接，大家可以拿著自己的序列試試! 當(dāng)然如果兩個(gè)測(cè)序片段的拼接片段太短可能利用默認(rèn)的參數(shù)不能完成拼接，大家可以試 著修改一下拼接參數(shù)試試! 如降低Match size 及Minimum Match Percentage的值! 手工及自動(dòng)去除末端 消除載體或污染的序列 網(wǎng)絡(luò)比對(duì)下載同源相似序列 SeqMan根據(jù)trace數(shù)據(jù)的質(zhì)量和載體序列在裝配之前可以自動(dòng)地進(jìn)行末端修整。然而有時(shí)候修改的程度難以掌握，下面我們將用手工的

5、方法找回修整過(guò)的末端。 為了區(qū)分修整過(guò)和沒(méi)有修整過(guò)的數(shù)據(jù)，我們給修整過(guò)的數(shù)據(jù)加一個(gè)有顏色的背景。選擇菜單ProjectParametersEditing Color打開(kāi)下面的對(duì)話框。確定use consensus match color和use other color已被選中。 修整完畢后 Alignment View 中在序列的左邊會(huì)有一個(gè)黑色的垂直棒，右邊有一個(gè)小的黑三角形。 要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的兩端拖動(dòng)即可，以前修整去掉的序列有明亮的黃色背景。 在拼接前面，可以將所要拼接的片段中清除載體和污染序列，優(yōu)化裝配順序，設(shè)定片段末端和標(biāo)記重復(fù)序列去除載體序列去除載體序列

6、 seqman在拼接前，有-點(diǎn)擊Unassembled Sequences窗口的右上角的“options“按鈕選擇相應(yīng)功能。默認(rèn)設(shè)定Trim sequence ends，scan for vector，optimize sequence assembly order.。去除載體序列 單擊 Scan All按鈕，將出現(xiàn)一個(gè)report窗口。 現(xiàn)在載體欄顯示：載體名字前都有一個(gè)檢測(cè)通過(guò)的標(biāo)志，說(shuō)明Janus 載體在全部14 序列中都已經(jīng)檢測(cè)到了。 單擊assemble按鈕，進(jìn)行序列拼接。查看末端修整和載體序列去除細(xì)節(jié)報(bào)告 選擇Project 菜單的Trim Report打開(kāi)Trim report窗口。查看修整序列前后的跟蹤數(shù)據(jù) 右鍵選擇6 號(hào)樣本，然后Show Original Trace Data,打開(kāi)Trace：Sample 6.abi 窗口 從 5末端起變淡的部分是載體序列，將不會(huì)用于序列裝配，故被清除。 垂直的黑棒出現(xiàn)于修整和未修整的序列之間，根據(jù)需要拖動(dòng)垂直黑棒，可以調(diào)整用于裝配的序列末端。自定義載體序列點(diǎn)擊Vector Catalog選項(xiàng)自定義實(shí)驗(yàn)室常用的載體序列1、掃描載體插入位