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文檔簡介

1、一、性狀和溶解度一、性狀和溶解度1.DNA為白色纖維狀固體,為白色纖維狀固體,RNA為白色粉末,均微為白色粉末,均微溶于水,不溶于有機(jī)溶劑。溶于水,不溶于有機(jī)溶劑。2.DNA溶液的粘度極高,而溶液的粘度極高,而RNA溶液要小得多。溶液要小得多。3.RNA能在室溫條件下被稀堿水解而能在室溫條件下被稀堿水解而DNA對(duì)堿穩(wěn)定對(duì)堿穩(wěn)定。n核酸分子中既含有酸性基團(tuán)(磷酸基)也含有堿性基團(tuán)核酸分子中既含有酸性基團(tuán)(磷酸基)也含有堿性基團(tuán)(氨基),具有兩性性質(zhì)。(氨基),具有兩性性質(zhì)。n由于核酸分子中的磷酸是一個(gè)中等強(qiáng)度的酸,而堿性由于核酸分子中的磷酸是一個(gè)中等強(qiáng)度的酸,而堿性(氨基)是一個(gè)弱堿,所以核酸的

2、等電點(diǎn)比較低。如(氨基)是一個(gè)弱堿,所以核酸的等電點(diǎn)比較低。如DNA的等電點(diǎn)為的等電點(diǎn)為44.5,RNA的等電點(diǎn)為的等電點(diǎn)為22.5。nRNA的等電點(diǎn)比的等電點(diǎn)比DNA低的原因,是低的原因,是RNA分子中核糖基分子中核糖基2-OH通過氫鍵促進(jìn)了磷酸基上質(zhì)子的解離。通過氫鍵促進(jìn)了磷酸基上質(zhì)子的解離。DNA沒有沒有這種作用。這種作用。二核酸的兩性性質(zhì)及等電點(diǎn)二核酸的兩性性質(zhì)及等電點(diǎn)n由于嘌呤堿和嘧啶堿具有由于嘌呤堿和嘧啶堿具有共軛雙鍵體系(單雙鍵交共軛雙鍵體系(單雙鍵交替);替);n一般在一般在260nm左右有最大左右有最大吸收峰,吸收峰,n可以作為核酸及其組份定可以作為核酸及其組份定性和定量測(cè)定

3、的依據(jù)。性和定量測(cè)定的依據(jù)。三、核酸的紫外吸收1. DNA或或RNA的定量的定量OD260=1.0相當(dāng)于相當(dāng)于50 g/ml雙鏈雙鏈DNA40g/ml單鏈單鏈DNA(或(或RNA)20g/ml寡核苷酸寡核苷酸2.判斷核酸樣品的純度判斷核酸樣品的純度DNA純品純品: OD260/OD280 = 1.8RNA純品純品: OD260/OD280 = 2.0OD260的應(yīng)用的應(yīng)用 四、核酸的變性、復(fù)性、分子雜交四、核酸的變性、復(fù)性、分子雜交1、核酸的變性、核酸的變性(denaturation) 指核酸雙螺旋區(qū)的多聚核苷酸鏈間的氫鍵斷裂,指核酸雙螺旋區(qū)的多聚核苷酸鏈間的氫鍵斷裂,變成單鏈結(jié)構(gòu)的過程。變成

4、單鏈結(jié)構(gòu)的過程。核酸的變性不涉及磷酸二酯鍵的斷裂;一級(jí)結(jié)構(gòu)核酸的變性不涉及磷酸二酯鍵的斷裂;一級(jí)結(jié)構(gòu)(堿基順序堿基順序)保持不變。保持不變。變性的因素:變性的因素: 高溫,強(qiáng)酸強(qiáng)堿,有機(jī)溶劑,射線等高溫,強(qiáng)酸強(qiáng)堿,有機(jī)溶劑,射線等DNA的變性的變性(denaturation)方法:方法:過量酸,堿,加熱,變性試劑如尿素、酰過量酸,堿,加熱,變性試劑如尿素、酰胺以及某些有機(jī)溶劑如乙醇、丙酮等。胺以及某些有機(jī)溶劑如乙醇、丙酮等。變性后其它理化性質(zhì)變化:變性后其它理化性質(zhì)變化:紫外吸收增加(增色效應(yīng)):紫外吸收增加(增色效應(yīng)):沉降速率增高;沉降速率增高; 粘度降低;粘度降低; 生物功能減少或喪失生

5、物功能減少或喪失。DNADNA變性的本質(zhì)是雙鏈間氫鍵的斷裂變性的本質(zhì)是雙鏈間氫鍵的斷裂DNA變性變性增色效應(yīng):增色效應(yīng):(hyperochromic effect):):DNA變性后,變性后,在在260nm處的紫外吸收增高,稱為高色效應(yīng)或增色效應(yīng)。處的紫外吸收增高,稱為高色效應(yīng)或增色效應(yīng)。 。n當(dāng)當(dāng)DNADNA的稀鹽溶液加熱到的稀鹽溶液加熱到80-10080-100時(shí),雙螺旋結(jié)構(gòu)時(shí),雙螺旋結(jié)構(gòu)即發(fā)生解體,兩條鏈彼此分開,形成無規(guī)線團(tuán)。即發(fā)生解體,兩條鏈彼此分開,形成無規(guī)線團(tuán)。 80 90 100 100%50%OD260(254) Tm 變性溫度范圍變性溫度范圍熔點(diǎn)溫度(熔點(diǎn)溫度(meltin

6、g temperature,Tmmelting temperature,Tm):):DNADNA熱變性過熱變性過程中,使其對(duì)程中,使其對(duì)260nm260nm紫外光的吸收度突然增加,紫外吸紫外光的吸收度突然增加,紫外吸收達(dá)到最大值的一半時(shí)溶液的溫度稱為熔點(diǎn)溫度(收達(dá)到最大值的一半時(shí)溶液的溫度稱為熔點(diǎn)溫度(TmTm)或解鏈溫度、變性溫度?;蚪怄湝囟?、變性溫度。 實(shí)驗(yàn)室常用的方法實(shí)驗(yàn)室常用的方法熱變性熱變性n一般一般DNADNA的的T Tm m值在值在70-70-8585 C C之間。之間。nDNADNA的的T Tm m值與分子中的值與分子中的G G和和C C的含量有關(guān)。的含量有關(guān)。nG G和和C

7、C的含量高,的含量高,T Tm m值值高。因而測(cè)定高。因而測(cè)定TmTm值,值,可反映可反映DNADNA分子中分子中G, G, C C含量含量。 (G+C)%=(Tm-69.3)X2.44 Tm=69.30.41(G+C) %影響影響Tm值的因素值的因素(1)溶液的性質(zhì)溶液的性質(zhì)(2)DNA中的中的G-C含量含量大腸桿菌大腸桿菌DNADNA在不同濃度在不同濃度KClKCl溶液下的溶液下的熔點(diǎn)溫度曲線熔點(diǎn)溫度曲線(3) DNA均一性均一性 均一性高,熔解過程發(fā)生在很小的溫度范圍均一性高,熔解過程發(fā)生在很小的溫度范圍將熱變性后的將熱變性后的DNA溶液緩慢冷卻,在低于變性溫度約溶液緩慢冷卻,在低于變性

8、溫度約2530的條件下保溫一段時(shí)間的條件下保溫一段時(shí)間(退火),(退火),則變性的兩條單鏈則變性的兩條單鏈DNA可以重新互補(bǔ)而形成原來的雙螺旋結(jié)構(gòu)并恢復(fù)原有的性可以重新互補(bǔ)而形成原來的雙螺旋結(jié)構(gòu)并恢復(fù)原有的性質(zhì)。質(zhì)。熱變性的熱變性的DNA經(jīng)緩慢冷卻后即可復(fù)性,這一過程稱為經(jīng)緩慢冷卻后即可復(fù)性,這一過程稱為退火退火(annealing) 。在適當(dāng)條件下(退火)在適當(dāng)條件下(退火) ,變性,變性DNA的兩條互補(bǔ)鏈可恢復(fù)天的兩條互補(bǔ)鏈可恢復(fù)天然的雙螺旋構(gòu)象,這一現(xiàn)象稱為復(fù)性。然的雙螺旋構(gòu)象,這一現(xiàn)象稱為復(fù)性。2 2、 核酸的復(fù)性(核酸的復(fù)性(renaturation)renaturation)一系列

9、性質(zhì)將得到恢復(fù),但是生物活性一般只能得到部分一系列性質(zhì)將得到恢復(fù),但是生物活性一般只能得到部分的恢復(fù)。的恢復(fù)。DNA復(fù)性主要受三種因素的制約:復(fù)性主要受三種因素的制約:1)將熱變性的將熱變性的DNA驟然冷卻至低溫時(shí),驟然冷卻至低溫時(shí),DNA不可能復(fù)性。不可能復(fù)性。 但是將變性的但是將變性的DNA緩慢冷卻時(shí)(比緩慢冷卻時(shí)(比Tm低低25 左右最左右最佳),可以復(fù)性。佳),可以復(fù)性。2)DNA濃度較高時(shí),兩條互補(bǔ)鏈彼此相碰的機(jī)會(huì)增加,濃度較高時(shí),兩條互補(bǔ)鏈彼此相碰的機(jī)會(huì)增加,易于復(fù)性。重復(fù)片段越多,復(fù)性越快。易于復(fù)性。重復(fù)片段越多,復(fù)性越快。3)DNA片段的大?。浩蔚拇笮。篋NA片段越大,復(fù)性越

10、慢片段越大,復(fù)性越慢DNA復(fù)性復(fù)性n復(fù)性速度可用Cot1/2來衡量。nCo為變性DNA復(fù)性時(shí)的初始濃度,以molL-1,t為時(shí)間,以秒表示。 Cot1/2的單位是molL-1.SnCot1/2表示復(fù)性一半的Cot值,與速率成反比,Cot1/2增大意味著反應(yīng)速度變慢。 3、 核酸的雜交核酸的雜交熱變性的熱變性的DNA單鏈,在復(fù)性時(shí)可與同源單鏈,在復(fù)性時(shí)可與同源DNA互補(bǔ)鏈互補(bǔ)鏈形成雙螺旋結(jié)構(gòu),它也可以與在某些區(qū)域有形成雙螺旋結(jié)構(gòu),它也可以與在某些區(qū)域有互補(bǔ)序列互補(bǔ)序列的異的異源源DNA單鏈形成雙螺旋結(jié)構(gòu)。單鏈形成雙螺旋結(jié)構(gòu)。兩條來源不同的單鏈核酸(兩條來源不同的單鏈核酸(DNA或或RNA),只要

11、它),只要它們有大致相同的互補(bǔ)堿基順序,經(jīng)退火處理即可復(fù)性,形們有大致相同的互補(bǔ)堿基順序,經(jīng)退火處理即可復(fù)性,形成新的雜種雙螺旋,即核酸的分子雜交。成新的雜種雙螺旋,即核酸的分子雜交。DNA-DNA雜交;雜交;DNA-RNA雜交。雜交。不同來源的,具有大致相同互補(bǔ)堿基順序的核酸片段不同來源的,具有大致相同互補(bǔ)堿基順序的核酸片段稱為同源序列。稱為同源序列。核核酸酸的的雜雜交交DNA-DNA雜交雙鏈分子雜交雙鏈分子變性變性 復(fù)性復(fù)性 不同來源的不同來源的DNA分子分子核酸分子雜交的應(yīng)用核酸分子雜交的應(yīng)用: :研究基因的位置研究基因的位置確定兩種核酸序列的相似性確定兩種核酸序列的相似性檢測(cè)樣品中的特

12、異序列檢測(cè)樣品中的特異序列基因芯片技術(shù)的基礎(chǔ)基因芯片技術(shù)的基礎(chǔ) 核酸探針(核酸探針(nucleic acid probe):能特異性的探測(cè)帶某一能特異性的探測(cè)帶某一特定序列的特定序列的DNA或或RNA分子的標(biāo)記核酸分子。分子的標(biāo)記核酸分子。Southern blotting(印跡)印跡) 將待檢測(cè)的將待檢測(cè)的DNA分子用限制性內(nèi)切酶消化后,通過瓊脂分子用限制性內(nèi)切酶消化后,通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分離,繼而將其變性并按其在凝膠中的位置轉(zhuǎn)糖凝膠電泳進(jìn)行分離,繼而將其變性并按其在凝膠中的位置轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素薄膜或尼龍膜上,固定后再與同位素或其它標(biāo)移到硝酸纖維素薄膜或尼龍膜上,固定后再與同位素或其它標(biāo)

13、記物標(biāo)記的記物標(biāo)記的DNA或或RNA探針進(jìn)行反應(yīng)。如果待檢物中含有與探探針進(jìn)行反應(yīng)。如果待檢物中含有與探針互補(bǔ)的序列,則二者通過堿基互補(bǔ)的原理進(jìn)行結(jié)合,游離探針互補(bǔ)的序列,則二者通過堿基互補(bǔ)的原理進(jìn)行結(jié)合,游離探針洗滌后用自顯影或其它合適的技術(shù)進(jìn)行檢測(cè),從而顯示出待針洗滌后用自顯影或其它合適的技術(shù)進(jìn)行檢測(cè),從而顯示出待檢的片段及其相對(duì)大小。檢的片段及其相對(duì)大小。 用途:檢測(cè)樣品中的用途:檢測(cè)樣品中的DNA及其含量,了解基因的狀態(tài)及其含量,了解基因的狀態(tài), 如如是否有點(diǎn)突變、擴(kuò)增重排等。是否有點(diǎn)突變、擴(kuò)增重排等。 Northern blotting原理:原理: 在變性條件下將待檢的在變性條件下將

14、待檢的RNA樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,繼而按照同電泳,繼而按照同Southern Blot相同的原理進(jìn)行轉(zhuǎn)相同的原理進(jìn)行轉(zhuǎn)膜和用探針進(jìn)行雜交檢測(cè)。膜和用探針進(jìn)行雜交檢測(cè)。用途:用途: 檢測(cè)樣品中是否含有基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(檢測(cè)樣品中是否含有基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(mRNA)及其含量。及其含量。 在核酸雜交的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種用于研究和診斷的在核酸雜交的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種用于研究和診斷的非常有用的技術(shù)稱非常有用的技術(shù)稱探針技術(shù)探針技術(shù)(Probe)(Probe)。 探針技術(shù)在探針技術(shù)在遺傳性疾病診斷遺傳性疾病診斷上已開始應(yīng)用。上已開始應(yīng)用。 例如診斷地中海貧血或血紅蛋白病,可以由已確診的

15、病人例如診斷地中海貧血或血紅蛋白病,可以由已確診的病人白細(xì)胞中提取白細(xì)胞中提取DNADNA,這就是診斷探針。用診斷探針檢查,不但,這就是診斷探針。用診斷探針檢查,不但可以對(duì)有癥狀患者進(jìn)行確診,還可以發(fā)現(xiàn)一些沒有癥狀的隱性可以對(duì)有癥狀患者進(jìn)行確診,還可以發(fā)現(xiàn)一些沒有癥狀的隱性遺傳性疾病。如從胎兒的羊水可以提取到少量遺傳性疾病。如從胎兒的羊水可以提取到少量DNADNA后,再用探后,再用探針技術(shù)對(duì)此進(jìn)行產(chǎn)前診斷各種遺傳性疾病已在臨床上開展。針技術(shù)對(duì)此進(jìn)行產(chǎn)前診斷各種遺傳性疾病已在臨床上開展。 雜交和探針技術(shù)是許多分子生物學(xué)技術(shù)的基礎(chǔ),在生雜交和探針技術(shù)是許多分子生物學(xué)技術(shù)的基礎(chǔ),在生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的研究

16、中,以及臨床診斷中得到了日益廣泛物學(xué)和醫(yī)學(xué)的研究中,以及臨床診斷中得到了日益廣泛的應(yīng)用。的應(yīng)用。Weston blotting4、沉降、沉降核酸與蛋白質(zhì)及其他雜質(zhì)各有不同的沉降核酸與蛋白質(zhì)及其他雜質(zhì)各有不同的沉降系數(shù),在超離心機(jī)的強(qiáng)大引力場(chǎng)中,它們系數(shù),在超離心機(jī)的強(qiáng)大引力場(chǎng)中,它們的沉降速率差異很大。的沉降速率差異很大。超離心法可以使核酸與其他雜質(zhì)分開;也超離心法可以使核酸與其他雜質(zhì)分開;也可使不同類型的核酸分開??墒共煌愋偷暮怂岱珠_。5、核酸的水解、核酸的水解n(1)酸或堿水解)酸或堿水解 n核酸分子中的磷酸二酯鍵可在酸或堿性條件下水解切斷。核酸分子中的磷酸二酯鍵可在酸或堿性條件下水解切

17、斷。nDNA和和RNA對(duì)酸或堿的耐受程度有很大差別。對(duì)酸或堿的耐受程度有很大差別。n在在0.1 mol/L NaOH中,中,RNA幾乎可以完全水解,生成幾乎可以完全水解,生成2-或或3-磷酸核苷;磷酸核苷;nDNA在同樣條件下則不受影響。在同樣條件下則不受影響。n這種水解性能上的差別,與這種水解性能上的差別,與RNA核糖基上核糖基上2-OH的鄰基的鄰基參與作用有很大的關(guān)系。在參與作用有很大的關(guān)系。在RNA水解時(shí),水解時(shí),2-OH首先進(jìn)首先進(jìn)攻磷酸基,在斷開磷酯鍵的同時(shí)形成環(huán)狀磷酸二酯,再攻磷酸基,在斷開磷酯鍵的同時(shí)形成環(huán)狀磷酸二酯,再在堿的作用形成水解產(chǎn)物。在堿的作用形成水解產(chǎn)物。2)、酶水解

18、)、酶水解n凡是能水解核酸的酶都稱為核酸酶。凡是能水解核酸的酶都稱為核酸酶。 n 從多核苷酸鏈的末端開始水解核酸的酶稱為核酸外切酶;從多核苷酸鏈的末端開始水解核酸的酶稱為核酸外切酶;n從多核苷酸鏈中間開始水解核酸的酶稱為核酸內(nèi)切酶。從多核苷酸鏈中間開始水解核酸的酶稱為核酸內(nèi)切酶。 n 能識(shí)別特定的核苷酸順序,并從特定位點(diǎn)水解核酸的內(nèi)切酶能識(shí)別特定的核苷酸順序,并從特定位點(diǎn)水解核酸的內(nèi)切酶稱為限制性核酸內(nèi)切酶(限制酶)稱為限制性核酸內(nèi)切酶(限制酶) (restriction nuclease )。)。n以以DNA為底物的為底物的DNA水解酶(水解酶(DNases)和以)和以RNA為底物的為底物的

19、RNA水解酶(水解酶(RNases)。)。五、核酸的分離純化、測(cè)定及研究方法(一)分離核酸的一般原則(一)分離核酸的一般原則 因?yàn)檫z傳信息全部貯存在核酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)中,故因?yàn)檫z傳信息全部貯存在核酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)中,故完整的一級(jí)結(jié)構(gòu)完整的一級(jí)結(jié)構(gòu)是保證核酸結(jié)構(gòu)與功能研究的基礎(chǔ)。是保證核酸結(jié)構(gòu)與功能研究的基礎(chǔ)。 保證核酸一級(jí)結(jié)構(gòu)的完整性;保證核酸一級(jí)結(jié)構(gòu)的完整性; 排除其它分子的污染。排除其它分子的污染。 1、核酸的分離和純化時(shí)應(yīng)遵循兩個(gè)原則:、核酸的分離和純化時(shí)應(yīng)遵循兩個(gè)原則:2、核酸的純度要求、核酸的純度要求 核酸樣品中不應(yīng)存在對(duì)酶有抑制作用的有機(jī)溶核酸樣品中不應(yīng)存在對(duì)酶有抑制作用的有機(jī)溶劑和過高濃

20、度的金屬離子;劑和過高濃度的金屬離子; 其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的污染應(yīng)降低到最低程度;污染應(yīng)降低到最低程度; 排除其它核酸分子的污染,如提取排除其它核酸分子的污染,如提取DNADNA分子時(shí),分子時(shí),應(yīng)去除應(yīng)去除RNARNA,反之亦然。,反之亦然。3、核酸分離純化的注意事項(xiàng)、核酸分離純化的注意事項(xiàng) 為保證分離核酸的完整性和純度,在實(shí)驗(yàn)中應(yīng)注意:為保證分離核酸的完整性和純度,在實(shí)驗(yàn)中應(yīng)注意: 盡量簡化操作步驟,縮短提取過程,以減少各種有害因素對(duì)核酸的破盡量簡化操作步驟,縮短提取過程,以減少各種有害因素對(duì)核酸的破壞;壞; 減少化學(xué)物質(zhì)對(duì)核酸的降

21、解,為避免過酸、過堿對(duì)核酸鏈中磷酸二酯減少化學(xué)物質(zhì)對(duì)核酸的降解,為避免過酸、過堿對(duì)核酸鏈中磷酸二酯鍵的破壞,操作多在鍵的破壞,操作多在pH410條件下進(jìn)行;條件下進(jìn)行; 防止核酸的生物降解。細(xì)胞內(nèi)或外來的各種核酸酶水解核酸鏈中的磷酸防止核酸的生物降解。細(xì)胞內(nèi)或外來的各種核酸酶水解核酸鏈中的磷酸二酯鍵,直接破壞核酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)。其中二酯鍵,直接破壞核酸的一級(jí)結(jié)構(gòu)。其中DNA酶需要金屬二價(jià)陽離子酶需要金屬二價(jià)陽離子Mg2+,Ca2+的激活,因此使用金屬離子螯合劑,如的激活,因此使用金屬離子螯合劑,如EDTA或檸檬酸鹽等基本上可以抑或檸檬酸鹽等基本上可以抑制制DNA酶的活性。而酶的活性。而RNA酶不但

22、分布廣泛、極易污染樣品,而且耐高溫、耐酶不但分布廣泛、極易污染樣品,而且耐高溫、耐酸堿、不易失活,所以生物降解是酸堿、不易失活,所以生物降解是RNA提取過程中的主要危害因素;提取過程中的主要危害因素; 減少物理因素對(duì)核酸的降解,物理降解因素主要是機(jī)械剪切力,其減少物理因素對(duì)核酸的降解,物理降解因素主要是機(jī)械剪切力,其次是高溫。次是高溫。 二、核酸分離純化的一般步驟二、核酸分離純化的一般步驟 破碎細(xì)胞破碎細(xì)胞去除蛋白質(zhì)、多糖、脂類等生物大分子去除蛋白質(zhì)、多糖、脂類等生物大分子沉淀沉淀核酸核酸去除鹽類、有機(jī)溶劑等雜質(zhì)去除鹽類、有機(jī)溶劑等雜質(zhì)純化干燥純化干燥溶解溶解 核酸提取方案,應(yīng)根據(jù)具體生物材料

23、和待提取核酸分核酸提取方案,應(yīng)根據(jù)具體生物材料和待提取核酸分子的特點(diǎn)而定。對(duì)于某特定細(xì)胞器中富集的核酸分子,子的特點(diǎn)而定。對(duì)于某特定細(xì)胞器中富集的核酸分子,采用先提取細(xì)胞器后再提取目的核酸分子的方案,可獲采用先提取細(xì)胞器后再提取目的核酸分子的方案,可獲得完整性和純度兩方面質(zhì)量均高的核酸分子。得完整性和純度兩方面質(zhì)量均高的核酸分子。 三、核酸的測(cè)定方法三、核酸的測(cè)定方法1、紫外吸收法、紫外吸收法2、 定糖法定糖法3、 定磷法定磷法四、核酸序列測(cè)定四、核酸序列測(cè)定 DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)的測(cè)定方法的一級(jí)結(jié)構(gòu)的測(cè)定方法1.Sanger雙脫氧鏈終止法雙脫氧鏈終止法(酶法測(cè)序)酶法測(cè)序) DNA的合成總是從的合成總是從5端向端向3端進(jìn)行的。端進(jìn)行的。DNA的合成需要模的合成需要模板以及相應(yīng)的引物鏈。板以及相應(yīng)的引物鏈。DNA的合

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