Nanodrop2000中文操作手冊

1、Nanodrop 2000/2000C 分光光度計V1.0 用戶手冊基因有限公司儀器應(yīng)用技術(shù)支持親愛的用戶，您好！非常感謝您選購我公司代理的儀器。我們將竭誠為您提供優(yōu)質(zhì)的售后服務(wù)及免費的專業(yè)應(yīng)用培訓。為了更好地進行儀器的應(yīng)用培訓，我們根據(jù)您所選購的儀器特點，將需要您配合準備的工作敬告如下：1. 應(yīng)用培訓內(nèi)容：儀器操作培訓和軟件應(yīng)用培訓。儀器操作培訓包括：儀器的操作、維護和儀器使用注意事項。軟件應(yīng)用培訓包括：用戶本次所購買的同儀器配套的所有軟件的軟件應(yīng)用培訓。2. 培訓時間：儀器正式安裝調(diào)試后，由安裝工程師現(xiàn)場培訓儀器操作。3. 應(yīng)用培訓中所需準備的試劑、耗材和儀器均需由用戶提供，并在系統(tǒng)培訓開

2、始前準備好。4. 用戶簽收售后服務(wù)工作報告后，基因公司正式的系統(tǒng)培訓內(nèi)容即完成。您以后在使用的過程中有任何疑問都可以向我們咨詢，我們非常樂意為您們解決應(yīng)用上遇到的問題。5. 在儀器的使用過程中，無論遇到您認為多么微小或繁瑣的問題，請您及時和我們聯(lián)系，一個及時的通知能節(jié)約您的時間，也能幫助我們更好的了解儀器和軟件。6. 聯(lián)系我們時請您提供：儀器型號、軟件名稱，版本、錯誤代碼、實驗目的、操作系統(tǒng)（98/2k/xp/NT）、維修歷史等相關(guān)資料。 本守則提的信息僅供參考，本守則包含的所有信息應(yīng)該是正確和完整的。如果對本守則中的描述有疑問，請參考廠家的英文操作說明。如果由于您的不正當使用而對儀器造成損壞

3、或者導致儀器的性能損傷，本公司將不會對此負責。1 儀器介紹儀器描述Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度計可以檢測0.5-2ul的樣本，而且檢測是非常高的準確性和重復性。ND2000C分光光度計不僅提供了NanoDrop樣品保留專利技術(shù)的便利性，也可以使用傳統(tǒng)的比色皿來進行樣本檢測。樣本保留系統(tǒng)應(yīng)用了表面張力來把樣本保留在兩根檢測光纖中間，這使得儀器可以檢測較高濃度的樣本而不用稀釋。應(yīng)用這個技術(shù)，全波長（190840nm）NanoDrop 2000/2000C分光光度計檢測樣本的最高濃度是標準比色皿的200倍。儀器規(guī)格NanoDrop 2000/20

4、00C基座模式儀器類型： 分光光度計最小樣品量： 0.5ul波長： 1mm（可以自動調(diào)整到0.05mm）光源： 氙閃爍燈檢測器類型： 2048象素線型硅CCD陣列波長范圍： 190840nm波長準確性： ±1 nm光譜分辨率： 1.8nm（FWHMHg 253.7nm）吸收光精確性： 0.002吸光值（1mm光程）吸收光準確性： ±2（257nm波長下，0.76個吸光值）吸光值范圍： 0.02300（等同于10mm光程時）檢測極限： 2ng/ul dsDNA最大檢測濃度： 15,000ng/ul（dsDNA）檢測時間： <5秒儀器占地面積; 14cm×20c

5、m重量： 2kg樣本基座材料： 303不銹鋼以及石英光纖工作電壓; 12V工作功率： 1218W（最大30W）軟件兼容性; Windows XP 和Vista（32bit）NanoDrop 2000C比色皿模式光束高度： 8.5mm加熱： 37±0.5攪拌： 150850RPM光程： 10，5，2，1mm檢測極限： 0.4ng/ul dsDNA最大檢測濃度： 750ng/ul dsDNA檢測時間： <3秒重量： 2.1 kg樣品保留基座檢測用移液器加12ul樣品到檢測基座上，對于高濃度的核酸和蛋白A280檢測，最少可以使用0.5ul的樣本。在基座上包埋一根光纖（接受光纖），把待

6、檢測樣本加到檢測基座上，第二根光纖（光源光纖）放下來與液體樣本接觸，在兩根光纖末端形成液柱。由一個脈沖氙燈作為光源并且使用一個線性CCD陣列來檢測通過液體的光信號。儀器由一個裝由Nanodrop軟件的電腦控制，所有試驗數(shù)據(jù)都以workbook（*.twbk） 文件形式保存在電腦中。基座檢測需要的樣本量雖然基座檢測時樣本的量不是特別關(guān)鍵，但是必須保證兩根光纖之間形成完整的液柱，這樣才能保證兩根光纖之間形成樣本液橋。決定液滴表面張力的主要因素是溶液中水 分子的氫鍵結(jié)合力。通常情況下，溶液中所有的溶質(zhì)（包括：蛋白，DNA，RNA，鹽離子，去垢劑分子）都會降低表面張力，因為這些 分子能夠和水分子的氫鍵

7、產(chǎn)生作用。雖然一般情況下1ul的樣本就足可以檢測了，但對于那些表面張力比較小的樣本最好使用2ul樣本來檢測?，F(xiàn)場試驗的經(jīng)驗表明下列樣本的用量足夠得到準確重復性高的檢測結(jié)果：核酸水溶液：1ul純蛋白：2ulBradford，BCA，Lowry或者蛋白Pierce 660nm試驗：2ul微生物細胞懸浮液：2ul最好使用精確的移液器（02ul）和tip頭來取樣來保證取樣的準確。低精確度的移液器（010ul或者更大的）很難準確的加1ul樣本到檢測基座上。如果用戶對樣本的特征或者移液器精確性不太確認，最好使用2ul樣本來做檢測?；臼褂? 抬起樣品臂，把樣品加到檢測基座上。2 放下樣品臂，使用電腦上

8、的軟件開始吸光值檢測。在上下兩個光纖之間會自動拉出一個樣品柱，然后進行檢測。3 當檢測完成后，抬起樣品臂，并用干凈的無塵紙把上下基座上的樣品擦干凈。這樣擦拭樣品就可以避免樣品在基座上的殘留。比色皿檢測Nanodrop 2000C可以檢測最高48mm的10mm光程的比色皿。當使用微量，半微量或者超微量的比色皿時，我們建議使用周邊不透明的比色皿，不透明的比色皿保證了光穿過樣本后全部到達檢測器。而透明的比色皿會讓那些沒有透過樣本的光也到達檢測器，這樣會導致檢測特別是低濃度樣品的檢測不準確。當檢測的波長為紫外區(qū)域時（<340nm），要使用石英白色皿，這樣才能透過紫外光。雖然有一些制造商提供紫外透

9、過的一次性塑料比色皿，但是即使質(zhì)量最好的塑料比色皿也不能讓低于220nm以下波長的紫外光透過，而大部分玻璃和塑料比色皿是完全紫外非透過性的。一般單光束的分光光度計都會推薦相配的比色皿，而許多比色皿生產(chǎn)廠家都有嚴格的質(zhì)控來保證比色皿的性能而不用在換比色皿時需要校準，這些比色皿都可以用在Nanodrop 2000C上。比色皿檢測樣品量在樣品檢測時必須保證比色皿中的樣品量足夠，能夠讓光線完整穿過樣品。2mm的光速從比色皿底部以上8.5mm的位置穿過，請參考比色皿生產(chǎn)廠家的建議來確定需要的樣品體積。比色皿檢測基本操作1 把樣品加到比色皿中，要保證加入的樣品量足夠，要蓋過光束。2 抬器樣品臂，把比色皿查

10、入到儀器中，插入比色皿時要注意儀器上面的光路的指向的方向。3 在做比色皿檢測時樣品臂必須放下來。4 使用電腦上的軟件對儀器進行初始話。5 當檢測完成后，移出比色皿，倒出樣品，清洗干凈比色皿?？瞻讓φ蘸臀展庥嬎惝擭anodrop 2000/2000C分光光度計做好空白對照后，儀器會自動記錄空白參照液的光譜結(jié)果并保存起來作為波長的光強度參比值。當進行樣品檢測時，透過樣品的光強度將被記錄下來。樣品的透過光強度和空白對照的透過光強度按下列公式來計算樣品吸光值：這樣，可以通過樣本和空白對照的透過光強度來計算特定波長下的吸光值。通過BeerLamber定律來確定樣品濃度和吸光值之間的關(guān)系：A吸光值（A）

11、波長依賴的摩爾消光系數(shù)（單位 L/mol*cm）b光程（單位 cm）c樣品濃度（單位 mol/L）參比溶液，或者空白溶液，通常是那些融解靶向分子的溶劑，這個溶劑要和樣品溶液具有相同的pH值和離子強度。基座檢測空白循環(huán)我們建議把空白對照當成樣品來檢測，這樣可以確認儀器性能完好并且基座上沒有樣品殘留，按下列操作來運行空白循環(huán)：1 軟件中打開將進行的操作模式，把空白對照加到基座上，并把樣品臂放下。2 點擊Blank來進行空白對照檢測并保存參比圖譜。3 重新加空白對照到基座上，把它當成樣品一樣來檢測，點擊Measure來進行檢測，結(jié)果應(yīng)該是差不多為一水平線，吸光值變化應(yīng)不超過0.04A（10mm光程）

12、4 擦去上下基座上的液體，重生進行上面的操作，直到檢測光譜圖的變化不超過0.04A（10mm光程）。雖然不需要在每個樣品之間進行空白校準，但我們建議在檢測多個樣品時，最好每30min進行一次空白校準。30min后，最后一次做空白檢測的時間將顯示在軟件下面的狀態(tài)欄上。熒光染料在進行Micro Array 和Protein & Labels檢測時，軟件使用BeerLambert定律來進行熒光染料計算。用戶可以使用Dye/Chrom來編寫新的新的染料。下表是軟件中保存的染料的參數(shù)：2軟件電腦配置l Microsoft Windows XP或者Vista（32bit）操作系統(tǒng)l 1.5GHz或

13、者更高速的處理器l CD ROM光驅(qū)l 1GB或者更高的內(nèi)存（Vista系統(tǒng)需要2GB）l 40MB硬盤空間l 具有USB端口（儀器通過USB與電腦連接）軟件安裝系統(tǒng)軟件必須在儀器連接到電腦上之前安裝好，安裝軟件時必須使用管理員用戶進入電腦。按下列步驟來正確的安裝軟件：1 關(guān)閉所有程序，并把USB線拔出。2 把軟件光盤插入到驅(qū)動器中，軟件的安裝menu會自動顯示，如果安裝不能自動開始，點擊Start并選擇Run。在Run對話框，輸入 x:Set-up，這里的“x”代表電腦的光驅(qū)，點擊OK.3 按照屏幕提示來進行操作來安裝軟件，然后連接USB線。如果出現(xiàn)“發(fā)現(xiàn)新硬件提示”，Windows XP

14、SP2操作系統(tǒng)將詢問是否需要通過Internet來尋找合適的軟件，選擇No，not this time，然后自動進行軟件安裝。這時NanoDrop 2000/2000c分光光度計就可以使用了。如果軟件不能打開，參考“Diagnostics and Troubleshooting”來尋找解決辦法?？梢栽贜anoDrop公司的網(wǎng)站上及時下載軟件更新。Thermo軟件安裝資質(zhì)Thermo軟件的安裝資質(zhì)程序執(zhí)行NanoDrop 2000/2000c軟件的安裝資質(zhì)。安裝資質(zhì)檢驗安裝的是否是正確的軟件，并可用來檢驗這些文件在安裝時是否被修改，刪除或者覆蓋。運行Thermo軟件安裝資質(zhì)程序：1 選擇桌面St

15、art打開Start menu。2 選擇All programs>Thermo>Thermo Software IQ。3 按照操作提示來認證您系統(tǒng)軟件的安裝。4 使用Help菜單進入 Thermo IQ User Guide PDF.線連接在使用儀器進行樣品檢測前，需要使用USB連接線把儀器和電腦相連，把12V的電源線接到儀器背面的插口上，并連接電源。當儀器不使用時，電源不用拔下，當儀器處于“待命”狀態(tài)時，其功率為5W，這時閃爍氙燈處于關(guān)閉狀態(tài)。在儀器背面的電源線插口上面有一個LED燈指示儀器正連接上12V電源。注冊您的儀器請及時注冊您的儀器，我們會在網(wǎng)上升級軟件并且免費增加新的特

16、性。我們會及時更新我們的用戶名單，這樣我們可以及時通知您這些軟件的更新。所有提供的信息都市完全可信的，請在網(wǎng)上注冊您的儀器。軟件特征NanoDrop 2000/2000c軟件被分為左右兩塊，狀態(tài)欄和工作按鍵在左側(cè)，而右側(cè)顯示主菜單和數(shù)據(jù)窗口。在NanoDrop 2000的用戶守則中有一個“附件”中包括一頁軟件特征總則。軟件左側(cè)部分任務(wù)欄任務(wù)欄選項包括以下幾個選項：l Home顯示特定用戶群所能夠操作的應(yīng)用的主菜單，默認的用戶群為Classic。l My Date管理數(shù)據(jù)的存檔和恢復。樣品數(shù)據(jù)保存在用戶指定的文件夾中，請參考“數(shù)據(jù)和帳戶管理”來查看詳細內(nèi)容。l Options包括4個控制鍵，請參

17、考“數(shù)據(jù)和帳戶管理”來查看詳細內(nèi)容。任務(wù)工具欄選項可以打開特定的應(yīng)用，包括：l Measure（指定應(yīng)用）顯示最近選擇的應(yīng)用。l Reports包括下列三個功能鍵：u Report顯示累積的樣品數(shù)據(jù)結(jié)果表格，并顯示選擇樣品的吸光圖譜。u Configuration選擇一個報告欄顯示，并選擇報告欄顯示的順序。u Print選擇需要打印的相關(guān)信息，設(shè)定打印頁面格式和報告中打印圖標的格式。l Oligo Calc（僅應(yīng)用于核酸和Micro Array）計算特定核酸分子的分子量，激發(fā)效率，濃度因子和熔點。請參考“核酸”和“Micro Array”中的“Oligo Calc”來獲取詳細信息。l Dye/

18、Chrom.Editor（僅應(yīng)用于Miro Array和Protein & Labels）讓用戶進入并編寫新的染料參數(shù)，參考Miro Array和Protein & Labels中的Dye/Chrom.Editor來獲取詳細信息。l Editor Options（方法編輯欄內(nèi)）微編輯方法設(shè)定可用的選擇。功能鍵當應(yīng)用被打開時，下列的四個功能鍵被顯示在左側(cè)欄的頂部：l Measure開始進行樣品檢測，這個功能鍵在剛進入一個應(yīng)用時是灰色的，當做好空白對照后才能使用。l Print Screen在默認打印機上打印樣品的數(shù)據(jù)和相應(yīng)的光譜圖。l Blank使用溶解樣品的緩沖液來做空白對照。

19、在進行樣品檢測前必須先做空白對照。l Re-Blank使用溶解樣品的緩沖液來再做個空白對照。Re-Blank功能會對最近的一個樣品濃度重新計算，并在屏幕上顯示修正后的光譜圖。當選擇Method Editor或者Kinetic Editor時，會顯示下列四個功能鍵：l New開始建立一個新的客戶定制型方法。l Save在當前選擇的組中保存編寫的方法。l Measure打開新編寫好的方法。l Delete刪除一個方法。左側(cè)欄的其他特征選擇主工具欄選擇l File主工具欄下拉菜單中包括下列選項：u New Workbook打開一個新的工作本，而當前使用的工作本將被保存并自動關(guān)閉。u Close Wo

20、rkbook and go Home關(guān)閉當前的工作本并回到主頁面，當工作本被關(guān)閉時所有的數(shù)據(jù)都會自動保存。u Close All Workbook and go Home關(guān)閉所有工作本（所有運用和方法）并回到主頁面。u Print Report在默認打印機上打印當前報告。u Use current setting as default當一個新的應(yīng)用工作本被打開時，把當前的應(yīng)用參數(shù)如：樣品類型，單位，基線校準波長和比色皿類型設(shè)定為默認。設(shè)定好后，當前報告格式也會被設(shè)定為默認。這個功能在每個應(yīng)用和方法中設(shè)定特定用戶選擇時非常有用。u E-mail current workbook把當前的工作本粘貼

21、到一個新的Email中。當要把這些數(shù)據(jù)發(fā)到NanoDrop殘破技術(shù)支持那里時，請使用My Date 任務(wù)欄來定位合適的自動保存文件。使用軟件打開文件并發(fā)送給技術(shù)支持。注意：雖然在打開自動保存的文件時所有報告內(nèi)容不能顯示，但是所有內(nèi)容可以被技術(shù)支持恢復。l Help在任何界面下都有可以運用Ctrl-m，Ctrl-h或者F1鍵來進入幫助文件。在幫助菜單下的上訴選項都市針對當前的軟件版本和儀器型號的。左欄儀器設(shè)定l Add to Report顯示哪些樣品數(shù)據(jù)被添加到當前的報告中。雖然所有數(shù)據(jù)被備份到自動保存工作本中并可以以后恢復。在日常使用中最好 把Add to Report選擇上，這樣使數(shù)據(jù)恢復更

22、容易。在樣品檢測前選擇添加到報告中來把結(jié)果保存到報告和工作本中。l Overlay spectra顯示獨個光譜圖，一個交叉指針被顯示并和最近檢測的樣品相關(guān)聯(lián)。當覆蓋光譜被選擇，點擊一個光譜來關(guān)聯(lián)交叉指針。n 覆蓋的樣品編號顯示在左側(cè)突變的頂部，最后一個檢測的樣品顯示在圖的最上面并被標記為紅色。在不同的圖譜上點擊可以把這個圖譜顯示為紅色。n 在進行新樣品檢測時，去選擇Overlay Spectra將清空所有光譜。l Small sample volume（僅僅適用于核酸和蛋白A280運用）當樣品在10mm光程的吸光值在3.0或者以上時，可以只使用0.5ul樣品進行檢測。l Use Cuvette

23、（僅僅適用于NanoDrop 2000c）激活比色皿檢測，客戶使用比色皿檢測時可進行的選擇包括：n Pathlengh包括10，5，2，和1mmn Stir Speed速度設(shè)定范圍是110，默認設(shè)定為關(guān)閉。n Heat to 37把比色皿槽加入到37±5。選擇上后，當前的溫度將被顯示在軟件屏幕的底部。加熱需要大約110min才能達到37。把樣品加熱到37需要的時間依賴于樣品溫度，在默認情況下，加熱模塊是關(guān)閉的。注意：如果更改一個不同的應(yīng)用，加入模塊將被關(guān)閉。然而如果使用相同的運用但使用基座檢測，加熱模塊將繼續(xù)運行。右側(cè)欄右側(cè)欄包括下列主菜單：l Group drop-down box

24、選擇首選菜單顯示和相應(yīng)的應(yīng)用，默認的選擇是Classic NanoDrop。l Predefined application buttons額外的主菜單選擇。l User-Defined list在用戶定義方法或者動力學前是空的，當客戶定義了方法或者動力學，定量方法左邊有一個量標簽，而動力學方法左邊有一個時鐘標簽。當一個應(yīng)用被打開時，右邊欄顯示樣品的光譜圖以及相關(guān)運用的數(shù)據(jù)。在用戶守則文件圖標上部有基座檢測或者比色皿檢測的標簽。圖像顯示圖像面板顯示最新檢測的樣品光譜圖。當選擇了附件圖片的功能，就可以顯示多個樣品的數(shù)據(jù)結(jié)果。樣品名稱號顯示在左側(cè)欄的頂部。最近檢測的樣品顯示在結(jié)果欄的最上面，其光譜

25、圖顯示為紅色。注意：點擊較早檢測的樣品名可以打開結(jié)果并讓其圖譜顯示為紅色。雖然樣品光譜圖顯示的數(shù)量沒有限度，軟件在全屏狀態(tài)下只能在左邊最多顯示28個樣品的名稱。當達到顯示最大數(shù)量時，樣品列表就會出現(xiàn)一個下拉框。光譜圖上的區(qū)域可以被放大，點擊鼠標左鍵，在想放大的區(qū)域拉一個框，然后再點擊一下框。要把放大的區(qū)域縮小回去，鼠標右擊顯示多選擇菜單：l Autoscale all sample為高濃度樣品設(shè)定較高的Y-軸上限，為低濃度樣品設(shè)定較低的上限，來保證樣品吸收光圖譜完整顯示。l Full Display all samples為所有樣品重新設(shè)定X和Y軸值來顯示全部光譜圖。l Set Scale手動

26、設(shè)定Y軸最大和最小值。l Sample labels（僅適用于UV-Vis）為最近的樣品選擇一個特定的吸收光波長，顯示在光譜圖中。l Sample legend確定是否要顯示樣品的名稱數(shù)據(jù)和帳戶管理我的數(shù)據(jù)樣品檢測的結(jié)果被記錄在工作薄中并保存在客戶指定的文件夾。通過左側(cè)欄我的數(shù)據(jù)任務(wù)欄來保存工作薄。使用查詢框來找到保存的感興趣的工作薄。當我的數(shù)據(jù)任務(wù)欄被選擇時在左邊欄有兩個有效的工具。選擇New 打開一個新的工作薄在右側(cè)突出其應(yīng)用。選擇Open打開選擇的工作薄并開始相關(guān)的應(yīng)用。額外的檢測結(jié)果可以添加到打開的工作薄中。在新建和打開按鍵下有五個快速鏈接可以進入存檔的工作薄，然后顯示在右側(cè)欄中。雙擊

27、一個工作薄打開文件，并可讓其他的檢測結(jié)果附加到工作薄中。注意：如果要把一個樣品的檢測結(jié)果加到一個工作薄中，在進行樣品檢測前必須把“添加到報告”鍵選上。Report報告是用戶定制型的顯示樣品結(jié)果的表格。一旦打開一個應(yīng)用或者用戶方法，就可以看到報告任務(wù)欄，可以通過點擊任務(wù)欄來打開報告。當選擇了報告任務(wù)欄后，在右欄中顯示下列三個設(shè)定：l Report在一個打開的工作薄中顯示保存的樣品數(shù)據(jù)。在頁面底部的報告欄中可以顯示選擇的樣品光譜圖。如果沒有選擇樣品，則報告欄顯示表格中第一個樣品的光譜圖。可以通過選擇報告表格中的的多個樣品數(shù)據(jù)來顯示多個光譜圖。l Configuration選擇報告欄顯示的內(nèi)容和順序

28、。只有那些選擇的欄目的信息才會出現(xiàn)在導出的報告文件中。參考下列的導出報告內(nèi)容獲取 更多信息。l Print為報告添加標題和副標題。檢測的方法信息和光譜圖可以隨報告表格一起打印。注意：可以通過點擊應(yīng)用或者檢測方法顯示圖下面的波浪圖標簽來顯示一個僅僅查看的報告文件。當選擇了報告任務(wù)欄，在左側(cè)欄的頂部可以顯示三個圖標：l Preview在打印報告前預覽報告。應(yīng)用選擇工具欄或者打印圖標來顯示選擇的頁眉和頁腳信息。參考“Date and Account Management”中的“Options”來獲取詳細信息。l Print開始打印一個報告。l 把報告導出為.xml，.tsv，或者.tebk格式文件，

29、特定的選項包括：n Report，Excel XML Spreadsheet（*.xml）把報告保存為可以使用Excel表格打開的文件。這個保存格式只能把報告保存為表格。在保存報告前必須配置報告顯示內(nèi)容。n Report，Tab Separated Values（*.xml）把報告保存為可以用記事本或者Excel文件打開的格式。這個保存格式只能把報告保存為表格。在保存報告前必須配置報告顯示內(nèi)容。n Spectrum，Excel XML Spreadsheet（*.xml）保存選擇樣品的每個波長下的吸光值，可以在Excel表格中打開結(jié)果。如果選擇了多個樣品，則可以在Excel的多個工作表中保存每

30、個波長下相應(yīng)的吸光值。n Spectrum，Tab Separated Value（*.tsv）保存選擇樣品的每個波長下的吸光值，可以在Excel表格或者記事本中打開結(jié)果。多個樣品的結(jié)果可以分別保存在一個工作欄中。n Spectra，New Workbook（*.twbk）把選擇的樣品數(shù)據(jù)保存為一個新的工作薄，可以在NanoDrop 2000/2000c軟件中再打開。n ND Legacy（*.tsv）保存相應(yīng)波長下的每個吸光值，并在報告中保存調(diào)整好的特定區(qū)域。這個功能可以在一個工作薄中保存多個樣品數(shù)據(jù)并可以使用記事本或者Excel打開。在導出前必須配置報告顯示內(nèi)容。注意：Spectra，Ne

31、w Workbook（*.twbk）和ND Legacy（*.tsv）在動力學檢測時不能使用。如果電腦不能識別.xml文件為Excel，可以通過Excel打開這些文件。向以前的工作薄中添加數(shù)據(jù)如果在一個工作薄打開時關(guān)閉軟件，會出現(xiàn)一個信息為你是否想把數(shù)據(jù)添加到工作薄中，這樣下次打開這個應(yīng)用時就可以顯示這些信息。通過我的數(shù)據(jù)工具欄來打開工作薄，這樣可以在軟件關(guān)閉前把數(shù)據(jù)添加到關(guān)閉的工作薄中。在做蛋白定量實驗時，建議在添加新結(jié)果到工作薄之前，按照操作說明建立一個標準曲線。重新處理在某些應(yīng)用模式下，在左側(cè)欄的頂部有重新處理工具。這個工具可以基于不同的基線校準波長，濃度單位或者樣品類型對樣品重新進行濃

32、度計算。這個功能不能用于重命名的樣品。重新處理欄可以在報告內(nèi)容配置欄上選取。注意：重新處理的樣品數(shù)據(jù)將作為一個新的數(shù)據(jù)出現(xiàn)在當前報告中，重新處理數(shù)據(jù)不會備份倒自動保存的工作薄中。重命名一個樣品任何時間都可以在報告中修改樣品的名稱。注意：樣品名稱的修改不會反應(yīng)到自動保存的文件中。自動保存文件除動力學檢測結(jié)果，其他所有結(jié)果都自動存檔為Autosave file（*.twbk），存檔位置依賴于電腦的操作系統(tǒng)。Vista: C:UsersPublicPublic DocumentsThermoAutosave (Software Application)XP: C:Documents and Sett

33、ingsAll UsersShared DocumentsThermoNanoDrop2000 Autosave (Software Application)自動保存文件包括了24小時內(nèi)檢測的所有樣品數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)按應(yīng)用和方法自動分類。自動保存文件并不是用戶可以修改的工作薄。由于數(shù)據(jù)可以附加到用戶定制型的工作薄中，用戶定制的工作薄通常和自動保存文件不匹配。如果需要恢復用戶定制的工作薄中沒有保存的數(shù)據(jù)，使用NanoDrop 2000/2000c軟件打開相關(guān)的自動保存文件，選擇感興趣的樣品，導出結(jié)果為Spectra，New Workbook（*.twbk），使用我的數(shù)據(jù)任務(wù)欄來查看新的工作薄。如果

34、自動保存的工作薄已經(jīng)打開，在新的檢測之前必須關(guān)閉工作薄。選項在選擇任務(wù)欄下有絲個工具欄：l Application添加新的用戶組和相關(guān)的應(yīng)用方法設(shè)定。要添加一個新的組，輸入組名并點擊Add。可以把一個或者多個應(yīng)用拉到空白鍵中來定制組的顯示內(nèi)容。有兩個方法可以顯示客戶定制方法而不是標準方法：n 把客戶定制的方法拉到一個特定的菜單按鍵中。n 把方法列表包括到一個主菜單選項中。當前的方法不會顯示在選項屏幕中，而回顯示在對應(yīng)組的主頁中，由于文本框的大小限制，方法列表只能顯示最上面的9個菜單按鍵。使用Delete group按鍵可以刪除整個組，使用頁面底部的Clear App Buttons來重新設(shè)定應(yīng)

35、用鍵。l Report Master Page編寫打印報告的頁眉和頁腳的布局。使用這個功能，可以選擇頁眉是否包括單位名稱，Logo，日期或者時間。頁腳選項包括額外文本和頁碼。這些選項可以用來打印所有應(yīng)用和用戶定制方法的報告。頁面設(shè)定按鍵可以顯示頁面大小和打印邊框的窗口。l Preferences確認這些設(shè)定是對特定的用戶可用還是對所有用戶可用。選擇Support Dymo Label printer來應(yīng)用獨立的程序來打印報告。在這個標簽下，可以選擇快捷鍵，請參考下表的快捷鍵。在動力學方法中，Re-Blank功能鍵被Stop功能鍵所替代。l Account管理那些用戶或者用戶群有權(quán)限更改或者調(diào)整

36、報告，定義默認設(shè)定和修改標準曲線。另外，覆蓋文件或者改變文件保存路徑也是由Account鍵控制。帳戶頁的左側(cè)顯示一系列控制類別的路徑。每個控制類別包括特定用戶或者用戶組的軟件特征夠可以進入。可以進入的類別包括：l Allow access to：n Options讓用戶或者組能夠進入：應(yīng)用，報告管理頁面，參數(shù)選擇和帳戶。n Reports能夠讓客戶或者組能夠在報告屏幕下可以進入配置標簽和再生鍵。n Editor讓用戶或組能夠刪除用戶編寫的方法，保存動力學方法。n Use Current Settings as default把當前的應(yīng)用參數(shù)設(shè)定衛(wèi)為默認值。n Overwrite files在已

37、存的工作薄名下保存一個新的工作薄。l Allow access to Groups：n 用戶可以進入，添加，刪除，修改組。要進入上面描述的特定的路徑：1. 在左側(cè)突出顯示感興趣的特征，對每個小類的路徑都必須分別授權(quán)。2. 使用List names from 和Organization的下拉菜單來選擇特定的用戶和組。3. 點擊Add把用戶或者組移動到中間框中。只有那些在中間框中的名稱才能進入左邊欄的突出的軟件特征。在默認情況下，對于每個應(yīng)用用戶組都要添加到允許的路徑中。下拉框和列表框：l List name from顯示可以從中選擇的區(qū)域列表。l Organization顯示選擇區(qū)域中的組織列表

38、。（如果本地區(qū)域被選擇了，就不選擇這個列表了）l Allow access to授權(quán)給用戶或者組可以使用前面描述的軟件參數(shù)。n 要添加一個用戶或組到用戶或組列表中，在頁面底部的Select or enter a name區(qū)域輸入一個有效的用戶名或組名，再點擊Add鍵。n 名稱必須包括區(qū)域名，如果一個名稱是有效的，就可以出現(xiàn)再授權(quán)列表中。如果如果命名無效，將會出現(xiàn)一個警告信息提示您。l User and Groups一個選擇的區(qū)域中的有效的用戶列表。3應(yīng)用總論使用NanoDrop 2000/2000c分光光度計可以方便的使用微量樣品進行紫外可見分光檢測。NanoDrop 2000/2000c可以

39、應(yīng)用于如下檢測：l 不用稀釋可以檢測濃度小于15000ng/ul（dsDNA）的核酸濃度和純度l 普通的紫外可見分光光度檢測l 純蛋白濃度檢測（A280）l Micro array和Protein & Labels應(yīng)用中的熒光染料基團檢測l 擴展的光譜檢測，定量應(yīng)該標記蛋白，金屬蛋白l BCA蛋白定量分析l Bradford蛋白定量分析l Lowry法蛋白定量分析l Pierce 660nm蛋白定量分析l 微生物細胞培養(yǎng)檢測l 動力學檢測l 用戶自己編輯檢測方法快速啟動1. 雙擊軟件圖標，并在右欄中選擇感興趣的軟件應(yīng)用。n 在進行檢測簽選擇Add to report來把樣品數(shù)據(jù)保存到一

40、個工作薄中。2 使用合適的緩沖液來建立一個空白對照。n 基座模式：取12ul空白液加到底部基座上，放下檢測臂并點擊Bank。n 比色皿模式（僅僅2000c）：選擇Use Cuvette，按儀器上指示箭頭插入比色皿。檢測光束（2mm）位置在比色皿底部以上8.5mm，參考比色皿生產(chǎn)廠家的建議來確定需要液體體積。注意：使用比色皿檢測時，也需要把檢測臂放下。在使用基座檢測時，建議把比色皿拿出以保證基座臂能放到合適的位置。3 使用干凈無塵紙把基座上的空白液擦干凈，在合適的位置輸入樣品名稱，取1ul樣品進行檢測。注意：每次檢測的樣品都必須是剛加入的。檢測后：l 使用干凈的無塵紙擦掉上下基座上的樣品，即可用

41、于下一個樣品檢測。l 當使用比色皿檢測時，拿出比色皿，在做下一個樣品前清洗干凈并涼干。雖然沒有必要在做每個樣品之前都做空白對照，但建議在做一種樣品檢測30min后做一次空白對照。30min后，最后一次做的空白對照的時間會顯示在底部狀態(tài)欄上。在NanoDrop 2000的用戶指南的附件上有一個快速使用指南，其中有空白對照和樣品檢測的操作說明。建議把這個指南打印出來貼在儀器附近作為參考。注意：上面說的染料的檢測范圍只針對基座檢測。核酸總論使用NanoDrop 2000/2000c可以很方便的檢測核酸的濃度和質(zhì)量。要檢測核酸在主頁面上選擇Nucleic Acid功能。核酸濃度計算使用BeerLamb

42、ert定律來進行核酸濃度計算：C核酸濃度，單位ng/mlAAU的吸光值消光系數(shù)，單位ng-cm/mlb光程，單位cm通常情況下核酸的消光系數(shù)為：l 雙鏈DNA：50ng-cm/ull 單鏈DNA：33ng-cm/ull RNA：40ng-cm/ul當選擇基座模式，NanoDrop 2000/2000c分光光度計使用1.0mm到0.05mm的短光程來進行檢測，這樣保證不用稀釋就可以檢測高濃度樣品。注意：報告中的吸光值可以象軟件屏中顯示的模式存檔。不論基座檢測還是比色皿檢測，核酸檢測的吸光值被一致化為1cm光程下的讀數(shù)值。NanoDrop 2000/2000c分光光度計可以準確檢測15000ng/

43、ul的雙鏈DNA而不用稀釋。對每個樣品，軟件會自動選擇最佳的檢測光程進行檢測。參考“Measurement Ranges”來獲得詳細信息。當檢測樣品的吸光值3.0時（1cm光程下），可以使用較少量的樣品進行檢測。獨特的屏幕顯示右側(cè)欄顯示核酸檢測特定的配置，左側(cè)的任務(wù)欄在“Software Overview”中有詳細描述光譜圖中顯示的數(shù)據(jù)都是一致化為10mm光程下的讀數(shù)。光譜顯示的右欄包括以下內(nèi)容：l Sample ID輸入樣品名稱，在進行樣品檢測時應(yīng)輸入樣品的名稱。l Type一個下列菜單來選擇檢測的核酸類型，選擇DNA-50做dsDNA檢測，RNA-40做RNA檢測，ssDNA-33做單鏈D

44、NA檢測。其他選擇包括，DNA寡核苷酸核RNA寡核苷酸，需要輸入相應(yīng)的吸光系數(shù)?？梢暂斎氲奈庀禂?shù)范圍時15150。l Conc通過260nm處的吸光值和消光系數(shù)計算得到的濃度值，濃度單位可以在后面的下拉框中選擇。參考“Nucleic Acid Calculations”中的詳細信息。l A260顯示10mm光程下的260nm處的吸光值。l A280顯示10mm光程下的280nm處的吸光值。l 260/280260nm和280nm處的吸光值的比值，這個值用來判定DNA和RNA的純度。純DNA的比值在1.8左右，純RNA的比值在2.0左右。如果這個比值偏小，表明有蛋白，苯酚或者其他污染物存在，這

45、些物質(zhì)在280nm處有明顯的光吸收。l 260/230260nm和230nm處的吸光值的比值，這是一個次要的核酸濃度指示值。純核酸的這個比值比260/280比值大，一般在1.8-2.2之間，如果比值偏低，表示核酸中有污染物。l Baseline correction如果選擇了基線校準，默認的校準波長為340nm。用戶可以根據(jù)試驗需要輸入不同的校準波長。在任何試驗下，基線都是自動設(shè)定為選擇波長下的吸光值。所有波長下的讀數(shù)都要減去這個值。注意：如果不選擇基線校準，光譜值將會產(chǎn)生偏移，計算的濃度也會改變。核酸濃度檢測1 在主菜單中選擇核酸模式，如果顯示波長校準窗口，放下基座臂點擊OK。2 選擇檢測的

46、樣品類型，默認的設(shè)定為DNA-50。3 選擇濃度單位，默認的為ng/ul。4 默認的校準波長為340nm，重新選擇一個校準波長或者去選擇Baseline來不選擇校準波長。5 選擇Add to Report自動把檢測結(jié)果添加到當前報告中去，默認設(shè)置是把每個樣品都添加到報告中。要把樣品數(shù)據(jù)保存到工作薄中，在檢測前必須選上Add to report。6 選擇Overlay spectra可以在同一時間顯示多個光譜。7 使用合適的液體建立空白對照，空白對照液體是溶解目標分子的液體?？瞻讓φ找后w的pH值和離子濃度應(yīng)和檢測樣品一樣。l 基座模式：取1-2ul空白對照加到基座上，放下檢測臂，點擊Blank鍵

47、。l 比色皿模式（僅ND2000c）：插入比色皿時注意儀器上箭頭指示方向。光束（2mm寬）位置再比色皿底部以上8.5nm的位置，請按照比色皿生產(chǎn)廠家的建議加入液體。注意：對于所有模式檢測，檢測臂都必須放下。在做基座檢測前，要把比色皿拿出來了，這樣可以保證檢測臂放到正確的位置。2.3.4.5.6.7.8. 在指定的位置輸入樣品名稱，按上面檢測空白對照的操作進行樣品檢測。注意：每次檢測的樣品都必須是新加的。檢測后l 使用干凈的無塵紙擦干凈上下基座，這樣儀器就可以進行下一個樣品檢測了。l 當使用比色皿時，取出比色皿，徹底清洗比色皿并晾干。Oligo CalcOligo Calc 用來計算特定核酸序列

48、的分子量，消光系數(shù)，濃度因子和溶點。選擇這個任務(wù)欄將顯示兩個鍵：l Oligo Calc用來輸入感興趣的序列，并選擇合適的樣品類型。l Melting Point顯示DNA序列熔點的結(jié)算結(jié)果。這個功能鍵僅在DNA序列檢測時出現(xiàn)。要使用Oligo Calc：1 使用如下方法來輸入一個堿基序列：Ø 使用堿基序列顯示框下的按鍵。Ø 鍵盤（僅僅能使用A，C，G，T，和U來輸入堿基）Ø 復制和粘貼一個序列到顯示框（僅僅能使用A，C，G，T，和U來輸入堿基）Ø 清除堿基序列框中的序列，點擊序列框右側(cè)的Clear鍵，單個可以手動來刪除。2 選擇磷酸化程度，可以選擇：D

49、NA單磷酸化，RNA單磷酸化和三磷酸化。3 如果需要可以選擇雙鏈，互補的雙鏈序列能夠包括在計算中。4 在下拉框中，選擇檢測的核酸類型，默認的為DNA。5 如果要添加序列選擇Modification并輸入相關(guān)的分子量。Oligo Calc分析結(jié)果區(qū)域包括：l 分子量顯示堿基序列計算得到的分子量。l 消光系數(shù)顯示260nm波長依賴的消光系數(shù)，單位是ng-cm/ml。l 濃度因子基于消光系數(shù)的常數(shù)，用來計算堿基序列的濃度。l 堿基數(shù)顯示輸入多少個堿基。l %GC顯示序列中的G/C含量。要計算DNA序列的熔點：1 按上面說明輸入序列，如果序列已經(jīng)輸入到Oligo Calc Tab中，序列框中將自動計算

50、序列的熔點。2 按下列說明在框中輸入合適的數(shù)值：Ø Oligo Molarity輸入樣品序列的摩爾濃度，默認的值為10um，但是可以根據(jù)不同的樣品更改。Ø Cation Molarity輸入樣品的陽離子濃度，默認的值為50um，但是可以根據(jù)不同的樣品更改。Ø Formamide輸入樣品中的氨基濃度，默認值為0，但是可以根據(jù)不同的樣品更改。熔點分析結(jié)果區(qū)域包括：l Salt Adjusted計算序列的熔點，不考慮鹽對相鄰堿基的相互作用影響。l Nearest Neighbor計算序列的熔點，考慮鹽對相鄰堿基的相互作用影響。微陣列總論通過這個功能可以篩選有效的熒光標記

51、雜交探針用于芯片試驗，這樣避免潛在的不好的探針，可以提高試驗效率。NanoDrop 2000/2000c可以檢測熒光染料的吸收光強度，最低可以檢測0.2pmol/ul的熒光染料。軟件可以自動應(yīng)用相應(yīng)的波長檢測樣品的吸光值。檢測濃度范圍NanoDrop 2000/2000c可以準確檢測熒光染料標記的核酸濃度達：100pmol/ul的Cy3以及750ng/ul的DNA。染料/發(fā)色團編輯用戶可以在NanoDrop 2000/2000c軟件中選擇預設(shè)好的染料，也可以使用染料/發(fā)色團編輯功能來添加新的染料。要添加一個新的染料，選擇Show 欄（第一列），這將激活手動輸入的區(qū)域，參照染料制造廠家的說明來填

52、寫合適的校準參數(shù)。當合適的染料被選擇了，260nm的校準將被自動應(yīng)用到核酸濃度計算中。當所有參數(shù)填寫好后，保存這些信息。要刪除一個用戶自定義的染料，點擊左側(cè)（）鍵旁邊的灰色框選擇要刪除的染料，然后點擊鍵盤上的Delete鍵或者使用鼠標右鍵來刪除。預編輯好的那些熒光染料，在編制欄是被鎖定的，不能被刪除。默認的設(shè)定是染料1是Cy3，染料2是Cy5。獨特的屏幕顯示右側(cè)欄顯示Micro Array應(yīng)用獨特的功能鍵，左側(cè)任務(wù)欄上的功能鍵參考“Software Overview”的描述。光譜顯示了當前樣本在1nm光程下的數(shù)據(jù)，光程信息顯示在Y軸。右側(cè)的光譜顯示欄包括下列部分：l Sample ID輸入樣品

53、名稱的區(qū)域。應(yīng)在樣品檢測前輸入樣品名稱。l Type用戶可以在下拉菜單中選擇檢測的核酸類型。選項包括：DNA-50用于檢測DNA，RNA-40用于檢測RNA，ssDNA-33用于檢測單鏈DNA，其他選項還有Oligo DNA和Oligo RNA，可以根據(jù)不同的序列使用合適的消光系數(shù)。Custom選項可以輸入消光系數(shù)的范圍是15150。l Conc使用特定的消光系數(shù)和260nm波長下的吸光值來計算濃度。濃度單位可以在下拉框中選擇。使用Beer定律來計算核酸濃度，可以參考“Nucleic Acid Calculations”。l A260顯示校準到10mm光程下的260nm波長下的吸光值。注意：顯

54、示的A260值并不同于樣品在260nm下的吸光值（以750nm波長為參比波長）。A260值在計算核酸濃度時考慮到染料對吸光值的影響，采用染料校準因子對檢測結(jié)果進行了校準，吸光值校準采用選擇的校準波長和750nm基線。從而顯示的A260值和用來計算的核酸濃度的吸光值不一樣。l 260/280260和280nm吸光值的比值。這個比值用來判定DNA和RNA的純度。對于DNA來說比值為1.8時認為是純的DNA，對于RNA來說比值為2.0時認為是純的RNA。如果比值偏低，表明核酸中存在蛋白，酚或其他在280nm 處有吸光的雜質(zhì)。l Dye1（2）：選擇染料，默認的選擇是：染料1（Cy3），染料2（Cy5）。Ø Abs每個染料在1mm光程下的吸光值。Ø pmol/ul基于每個熒光染料的消光系數(shù)計算出來的濃度，可以在下拉框中選擇濃度單位。l Analysis correction在計算濃度前，減去參比波長下的吸光值。這僅僅影響報告的核酸濃度，默認的參比波長為340nm