SCI實驗數(shù)據(jù)處理(圖片,圖表,文字)

1、       不少研究生們可能都有這樣的體會：千辛萬苦得來的實驗結(jié)果，不知道該如何展現(xiàn)給別人？的確如此，有些研究工作做得非常出色，可能由于呈現(xiàn)方式的問題，不能發(fā)表高水平的文章（尤其是SCI文章）。       仔細分析C-N-S系列的大牛文章，不難發(fā)現(xiàn)，這些高水平論文的圖表質(zhì)量也高人一籌。因此，合理的“包裝”自己的實驗結(jié)果非常重要。一、共聚焦圖片1. 拍照時要保留大中小三個倍數(shù)的圖，且圖片分辨率不能太低（我們用1024*1024），能大則大，我們是因為機器限制。用的時候要進行裁減，比如文章上放的是200倍和400倍

2、的圖，實際上200倍的圖來自拍照時100倍的圖，400倍的圖來自拍照時200倍的圖。這樣有利于準確地形成系列圖片。2. 圖片對比度、中間色之類可以（或者是必須）在保證趨勢的基礎(chǔ)上進行適當調(diào)整。3. 熒光圖片不提倡定量，定量要配合western。4. 應該是tif格式。5. 拍照時一般不要把對比度調(diào)節(jié)的太大，盡量保存細節(jié)。拍的太強了后期是不好調(diào)弱的，或者背底太暗了也會丟失細節(jié)的。這些后期都可以通過軟件調(diào)節(jié)。6. 低倍-高倍的順序。反之會形成暗區(qū)，特別是在高倍加zoom放大層掃之后特別明顯。這是教訓，不能看見高倍下面比較好的結(jié)果，就欣喜若狂，先高倍后低倍。7. 一定要保留你的oib格式，不能因為省

3、空間，只存留tif格式。有些雜志會要求偽色，比如，紅色的用粉色顯示，要是有oib格式就很好調(diào)整，重新出圖就是。沒有oib，用tif也可以用其他軟件轉(zhuǎn)換，但總覺得最后的顏色不是很對，因為很難把握粉色的色值。8. 層掃的圖片疊加或出2D的tif圖，建議不要用“輸出所見”這個選項，這樣出來的1024-1024的會變成512-512，這時候還是選擇一般tif，1024-1024，后期再用其他軟件合成會比較好。9. 結(jié)果好，拍照好，才是最基本的，一定要杜絕對結(jié)果的修改。對于形態(tài)學的圖片來說，用軟件修改后的用一些二進制的軟件打開后可以明顯看出修改過程。這是同學告訴我的，自己沒試過，因為沒這樣修過。二、幻燈

4、片       實驗室就非常強調(diào)你的匯報能力?；脽羝辽偈且獰o懈可擊?？赡苣愕墓ぷ骱芷粒悄阕隽艘粋€很粗糙的幻燈，而且講的也很粗糙，這樣，別人對你的評價就會打折扣。我一般喜歡用prism作圖，非常漂亮，而從來不用excel作圖。而幻燈，思路要很明確，背景要介紹清楚。然后大家一定要控制時間，給你十五分鐘，最好是留有10s的空余，但是一定不能多，也不能講到十分鐘就結(jié)束了。三、圖片       目前雜志投稿沒有一個統(tǒng)一的標準比較麻煩，比如照片的DPI不同雜志要求就不一樣，有的雜志甚至單獨要求Merge圖片的DPI，還

5、有的連統(tǒng)計圖的線粗細磅數(shù)也要求不一樣。這就造成一稿被拒，還要重新治理很多照片和統(tǒng)計圖，非常麻煩。1. 首先對文章中圖片的邏輯關(guān)系要十分清楚，針對results部分排好序，而且開始的時候要多準備一點圖片，挑出幾張拍攝效果好的，在投稿的時候，除了你認為最好的那張圖以外，還可以放幾張備選圖到附件中。2. 圖片的排列一定要有邏輯性，不管是從大體形態(tài)到分子機制，還是從分子機制再到形態(tài)學，不管按照什么方式敘述，都要按照一定的邏輯順序。3. 圖片要盡量的精美，而且要每組圖片要保留幾個備用的圖片，以免要求修改時，找不到合適的圖片。4. 要注重細節(jié)，放在PPT上排列時，要注意上下左右的圖片盡量對齊，包括用來放在

6、柱形圖上的小星號，一定要對齊，放好。5. 代表趨勢變化的圖，一定要能看出趨勢。不明顯的圖就不要放在上面了。6. 如果是大體照片，比如關(guān)節(jié)炎腫脹的照片，要放一個尺在背景中，這樣即使照片焦距不一樣，有了尺的刻度在照片里，就很能說明問題（尺的刻度隨照片大小改變而改變）。7. 在excell中作的柱狀圖或線圖，我一般都是用字體14號，字形加粗，線條粗細在1.75到2.0。8. 當然大家想要得到精美圖片掌握photoshop等作圖軟件是少不掉。9. 幾幅圖如何排版，最好看看級別高的雜志，他們是如何排版的。10. 每次都感嘆老外的綜述性文章的圖片，看的很直觀，這次我也發(fā)表了一篇綜述性文章，找一個做動漫的高

7、手，將我個人的想法在photoshop上畫了一個精美的圖片，故有時可以請專業(yè)人士幫忙。圖1：高手做的圖11. 對于病理的圖片，照相時要加標尺，一般用Tif保存，盡可能保存分辨率高的圖片（以后再壓縮都行）。我一般都是100倍的照1張，200倍的照4張，400倍的照4張。12. 圖片要在PPT或paper中呈現(xiàn)的時候，最好加一個邊框，圖片之間不要距離太寬，這樣要好看些。13. 組合圖片時，一般用photoshop.注意細節(jié)，上下左右要對齊。每個圖片的背景要調(diào)整一致。14. 做統(tǒng)計圖時，用origin，Prism，sigmaPlot。這樣做出來的圖確實要好看，而且容易調(diào)整間距，字體等。當然用EXCE

8、L也能做出好看的圖，但是需要仔細修改，比如要去除網(wǎng)格線。15. 所有的圖片最好符合黃金分割原理，長寬比例控制在1.6左右。圖中重點強調(diào)的內(nèi)容一定要加粗，或者用很醒目的符號。總之最能吸引人眼球的地方就是你文章最重要的部分。16. 圖片的英文字體最好用Arial。四、圖表1. 完整性。圖表應包含摘要中所有的重要結(jié)果，并且信息量要比摘要更豐富，這樣才顯得豐滿。但也要注意別把所有結(jié)果都堆砌上去，這樣反而會干擾文章的邏輯主線。2. 邏輯性。實驗結(jié)果不同部分的圖表必須互相聯(lián)系，形成一個連貫的邏輯鏈條，以支撐文章的結(jié)論。如果只看圖表不看正文也能自然地得出結(jié)論的話，那說明其邏輯主線是非常清晰的。3. 精煉的文

9、字說明。配以文字說明，使得圖表易讀易懂，但一定要簡潔精煉，否則還不如去看結(jié)果的文字部分呢。4. 把握一些細節(jié)問題。比如圖與圖之間的間距以及字體的大小、位置應保持一致，圖片中指示箭頭與背景的對比要明顯.等等。圖表及文字說明的排布要力求整齊劃一，給審稿人一個嚴謹?shù)挠∠?。五、論?. 條理清晰：編號要有條理，可以所有的都不編號，也可以編成1，1.1，。等等，但一定要前后一致。2. 豐富多樣：我認為一篇論文中應該有圖有表，有的數(shù)據(jù)既可以以表格形式表示，也可以用Excel畫出圖，那么就應該看看文章中缺什么，比如圖比較多，那就畫個表，等等。3. 對于文章的格式，有一些具體的要求：字體 （Font)：Tim

10、es New Roman，字體大小 (Font size)：12 （即小四），行距 (Spacing)：雙行 (double space)，紙張：8.5-by-11-inch （相當于A4），紙張邊距 (Page margins)：各留 1 inch。4. 書寫要求：右邊不對齊 (do not justify the lines at the right margin)，每段第一個單詞嵌入1 inch (Tab鍵，或五個空格）。5. 對于圖，首先要寫好Figure legends，“readers do NOT need to look at the text to find out what

11、 the figure means ”，所以Figure legends要敘述清楚。6. 繪圖工具：Photoshop or powerpoint7. 圖片大?。簅ne-column or two-column8. 字體選擇：Helvetica or Arial9. 如果數(shù)據(jù)比較多的時候盡量放到表里面，減少結(jié)果部分文字的篇幅，我有一篇文章審稿人就要求我把文字部分的數(shù)據(jù)放到表中。10. 圖中盡量多做標注，最好做到不看legend也能看懂圖的內(nèi)容。11. 圖的數(shù)量不宜太多，不重要的圖不必顯示。12. 示意圖宜簡單明了，無關(guān)的東西不需要六、如何做免疫組化的圖     

12、 免疫組化做完后就要進行目的蛋白表達水平的評估，就是讀片的過程，期間可以留意哪些染色具有代表性，可以作為文章中的圖，用顯微鏡拍好后，接下來就是如何將這些代表性的圖（如weak，moderate, stong staining）合成一張圖。1.將不同的圖同時用Photoshop打開，同時新建一張背景圖。.考慮到美觀，可以采用圓形選擇工具，比如直徑為2cm，在每張圖上進行選擇，將選好的區(qū)域拉到新建的背景圖上。3.注意各個圖之間要對齊，可以采用參考線進行對齊或?qū)⒉煌瑘D層進行鏈接，然后再對齊。4.根據(jù)不同雜志的具體要求，設(shè)置圖的大小及分辨率（DPI）。七、作圖軟件   

13、   老板曾經(jīng)給我說過，一定要十分注意自己放到文章里的圖片，好的圖片更容易讓編輯對你的文章產(chǎn)生好感；而且，不完善的圖片一旦發(fā)表，它是永遠不能被撤下來的。過一段時間，你自己看著就很難受。       我以前習慣于用excel作圖，老板已經(jīng)不允許了，現(xiàn)在全部換成graphpad prism 5 和canvas 11了，剛開始的時候，用著這兩個英文軟件也不是很順手，用久了，果然發(fā)現(xiàn)這兩個軟件作出的圖片和圖表的確質(zhì)量要好很多，而且，再次改起來也很方便。graphpad prism 5還可以直接做統(tǒng)計分析。至于圖片的初級處理工作，一般都是在im

14、age j和photoshop里做的。image j是個功能很強大的軟件，可以在網(wǎng)上免費下載自己需要的插件，完成自己特定的要求。       互相交流，共同進步。       確實如此，作圖軟件也是影響圖片質(zhì)量和作圖效率的一個關(guān)鍵因素。作圖軟件（或者統(tǒng)計軟件）往往因各人的習慣和實驗數(shù)據(jù)的特點而異。       就我個人而言，我的實驗數(shù)據(jù)大都是電生理和形態(tài)學方面的東西，我覺得比較合適的軟件是：1.電生理：Igor 4.0; miniAnalysis; Plusfit;2.形態(tài)學

15、：photoshop；IPP3.統(tǒng)計軟件：spss，excel（一些簡單的數(shù)據(jù)分析還是很實用的）       的確如此，寫文章過程中需要的主要軟件工具。關(guān)于實驗方面的，不同專業(yè)要求不一樣。在這兒我想說的是，從原始數(shù)據(jù)到文章成稿的過程中，你可能用到的軟件工具：文字的（e.g. Word ）、圖形的(e.g. Origin, sigmaPlot，photoshop)、數(shù)據(jù)分析統(tǒng)計的(e.g. Excel, SPSS or SAS)、數(shù)據(jù)模擬 的(e.g. MathCad, Matlab)、文獻管理的(e.g. Endnote）及其專業(yè)軟件。  &#

16、160;    在這過程中，圖片的處理尤為重要！您想讓自己的圖片在文章中看起來更清晰，為您的文章增添更多吸引人的地方除掉軟件以外你的 Tables, Figure captions, and Figures， 還應具有科學性、新穎性和邏輯性，有時候可觀賞性很重要。       在英文綜述性文章中，用示意圖能很好將復雜問題簡單化！需要一定的作圖功底能力。       個人覺得大家在作圖時，不要太迷信用專業(yè)的作圖軟件，現(xiàn)有的常規(guī)軟件word、ppt，只要你用心轉(zhuǎn)研，一樣可以做出精美的示意圖。我之前在

17、一次會議的時候看到一個高手做的示意圖，很是漂亮，下來一問，居然是用ppt做的，回來一試，果不其然，自己也能做出很漂亮的彩圖，這次直接在國基中派上用場。希望大家能夠好好發(fā)掘現(xiàn)有的軟件和素材，小塊頭也有大智慧，呵呵！八、采集原始結(jié)果的原則和方法       稿件中的圖片大體可以分為三類：1）來自數(shù)碼相機，如顯微鏡下或大體照片等；2）來自采樣軟件，如powerlab的動作電位圖、血壓圖等；3）來自統(tǒng)計作圖軟件，如Excel的柱狀圖等。       操作的三大原則：1）原始圖像要保留，修改后的圖像務必另存而不要覆蓋原始圖像

18、；2）盡量減少保存次數(shù)，以免損失圖像質(zhì)量，可以多處修改，一一完畢后再做存盤；3）所有操作不得使圖像失真，任何影響圖像真實性的修改都是不允許的。        任何修改工作都是在原始圖像的基礎(chǔ)上進行，所以如果原始圖像質(zhì)量不佳，那必將事倍功半。下面對有利于原始圖像質(zhì)量的細節(jié)略做介紹。不同來源的圖像，其注意點也不一樣，因此分開討論。1）來自照相的 獲得的數(shù)碼文件多是在顯微鏡視野下采集的，因此聚焦和暴光是必須要考慮的。顯微鏡下景深極淺，意味著聚焦清晰不能依賴于小光圈，而應靠精細調(diào)節(jié)顯微鏡。注意應使照相通道和目鏡觀察通道相一致，即目鏡下最清晰時拍照也最清晰。拍照時

19、相機應選擇最大光圈，廣角端。不要使用望遠變焦，它使得視野變小且放大倍數(shù)難以計算。聚焦不清的另一主要問題在于相機的抖動。雖然一般相機都固定在顯微鏡上，但按快門時的手震有時仍不可忽視，這時一個簡單的辦法是利用相機的自拍功能，按下快門之后經(jīng)倒數(shù)計時后正式拍攝。暴光時間的選擇在一般的明視野下可由相機的自動暴光決定；而暗視野下有時需要高達幾分鐘的暴光時間，這是一般數(shù)碼相機達不到的，只能通過專業(yè)的CCD系統(tǒng)并用軟件幫助采集圖像。一些軟件可以用來修改暴光不足的照片，但暴光過度往往使圖像細節(jié)丟失。顯微鏡下拍攝時閃光燈不起作用，將它關(guān)閉。通過白平衡，一般不會產(chǎn)生嚴重的偏色。另外，由于鏡頭的原因，邊角處難免會有失真，因此，請保證目標在視野正中，鏡頭成像最佳范圍內(nèi)，而無須鋪滿整個視野，現(xiàn)在的數(shù)碼相機的像素值已經(jīng)足夠高了。2）來自采樣軟件的 采樣軟件所采得的原始圖形一般儲存在特定格式的文件中，通過該軟件或配套的分析軟件打開。有的采樣或分析軟件可以將圖形直接輸出到Word或Photoshop中，但有的則不能。這時最簡單的辦法就是通過抓屏或抓圖軟件來獲取。通過采樣軟件獲取的圖形輸出后僅做些切割、拼合的工作，不應該做更多其它的修改。圖形在采樣軟件中可以通過改變x軸和y軸的縮放比改變形狀，因此一組圖片應該選擇統(tǒng)一的標準，并且標注x, y軸的標尺。圖形