生物信息學(xué)序列分析

1、1BioinformaticsREVIEWSREVIEWShttp:/www.bio-http:/www.bio-以SRZ1基因序列為例/ Motif Scan: http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/smart.embl-heidelberg.de/http:/Softberry的不足：不能給出信號肽的（裂解）位置和核定位的不足：不能給出信號肽的（裂解）位置和核定位信號等序列的特征信號等序列的特征因此：我們還采用因此：我們還采用

2、SignalP和和Predict NLS等程序進(jìn)行預(yù)測等程序進(jìn)行預(yù)測http:/genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/查找核定位信號：查找核定位信號：NLSTSSATGTATApromoter方法一方法一: 用用FGENESH預(yù)測預(yù)測.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTAhttp:/方法二方法二: 用用Fruitfly網(wǎng)站的網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測預(yù)測程序預(yù)測.方法二方法二: 用用Fruitfly網(wǎng)站的網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測預(yù)測程序預(yù)測.方法三方法三: 用全長用全長cDNA比對預(yù)測比對預(yù)測. (搜索搜索nr

3、數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫)ggctgcacgc ctttccgcga 與與fruitfly網(wǎng)站的預(yù)測結(jié)果非常接近網(wǎng)站的預(yù)測結(jié)果非常接近!方法四方法四: 搜索搜索dbEST方法四方法四: 搜索搜索dbESTWe care?方法四方法四: 搜索搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 與與fruitfly的結(jié)果幾乎一致的結(jié)果幾乎一致. 因此因此,我們初步認(rèn)為我們初步認(rèn)為ATC.為為TSS確定確定TSS后的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證也是很重要的后的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證也是很重要的.可以選擇推測的可以選擇推測的TSS之前之前, 之后的序列設(shè)計(jì)引物之后的序列設(shè)計(jì)引物, 進(jìn)行進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增擴(kuò)增, 初步確定初

4、步確定TSS. (該步驟也可以不做該步驟也可以不做)下一步下一步: 選擇選擇TSS(or ATG)之前的之前的2000bp左右的序列左右的序列, 通過通過MatInspector程序進(jìn)行分析程序進(jìn)行分析.1、BLAST檢索NR或基因組數(shù)據(jù)庫， 打開檢索結(jié)果，選取基因起始部分拷貝至BioXM軟件，手工查找；2、自動搜索：適合于水稻等基因組公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。Select more than 2000bp sequence and copy it into BioXM注意是否需要將序列反向互補(bǔ)？查找SRZ1基因的起始序列藍(lán)色部分即為啟動子序列可以直接將結(jié)果放在論文里發(fā)表可以直接將結(jié)果放在論文里發(fā)表. EMBOSS 6.3.1: tfscan1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM);2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP);3. Motif(Motif Scan) prediction for ZFP252;4. Extract the ZFP252 promoter sequence(1800bp upstream sequence)(BLAST)