WES在CNS畸形胎兒中的應(yīng)用

1、應(yīng)用全外顯子組對C N S畸形胎兒病例的研究【研究對象】一般臨床資料范圍平均值孕婦年齡(歲)20-4228.58妊娠周期(w)12-3726.18產(chǎn)前診斷指征樣本類型例數(shù)中樞神經(jīng)系統(tǒng)異常臍血樣本119羊水樣本4絨毛樣本2合計125研究平臺：lllumi na Hiseq2500研究目標：檢測SNP, indel等突變情況 研究結(jié)果：(1)概況:CNS畸形 胎兒病例強陽性病 例數(shù)強陽性率弱陽性病 例數(shù)弱陽性率陰性病例 數(shù)陰性率1713.6%8366.4%2520%備注突變的危害程度最高， 基因型-表型之間關(guān)系明確蛋白預測該突變有害， 突變的生物學意義傾向 于陽性，但基因型與表 型的關(guān)系尚不明確，

2、可 結(jié)合家系分析或一代測 序進一步明確。通過MAF過濾等分析手 段就可判斷該突變?yōu)槎?肽。(2)強陽性突變樣本癥狀基因核酸改 變MAF雜合純合相關(guān)性說明疾病名稱P547左側(cè)腦室 增寬，小C5orf42c.5557G>A(E27)0.0007雜合無義突變可能 會導致蛋白翻 譯提前終止Joubert 氏綜合征17型AR1腦發(fā)育異 常c.2863G>A(E16)雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變P5845右側(cè)腦室 擴張變 形，室管 膜出血GRNc.823C>T(E8)0.0015雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變泛素陽性包 涵體性額葉 退化，ADP4489雙側(cè)腦積 水PIEZO2c.1265T

3、>A(E11)0.0026雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變MARDEN-WALKER綜合 征，ADP571左側(cè)腦積 水，雙足 內(nèi)翻PITX1c.169C>A(E1)0雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變先天性畸形足，AD8EBPc.282A>C(E2)0.0025雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變Con radiHun erma nn-Happle綜合 征，XDP4533胼胝體發(fā) 育不全， 小腦異常FREM1c.1408G>A0.0013雜合蛋白結(jié)構(gòu)預測 為有害突變?nèi)穷^畸形2型ADJM103B胼胝體發(fā) 育不全， 雙手雙足 重疊指趾，握拳FGFR2C.755G>C0雜合有疾病相關(guān)報

4、 道JacksonWelss顱縫早閉綜合征ERCC27364T>C0雜合mRNA剪接可能會受影響腦頜骨綜合 征2型（3）各組CNS病例強陽性檢出率比較:單一 CNS畸形病例強陽檢出率：8% （7/87 ）單一 CNS畸形合并顱外畸形病例強陽性檢出率：7.1% （ 4/56%）復雜CNS畸形病例強陽性檢出率：15.2%（ 7/46）1和2無統(tǒng)計差異，3和1,、3和2有顯著差異（4）CNS畸形胎兒病例其致病基因變異的遺傳模式具有多樣性：AD 52.9%（ 9/17）;AR 41.2%（ 7/17）;XD 11.8%（2/17）；未知 11.8%（ 2/17）;（5）CNS畸形胎兒病例其致病的

5、變異類型具有高度復雜性：強陽性病例中，新發(fā)突變共11個（無rs號），占全部突變的50%;病例之間多數(shù)為共享致病基因，卻不共享突變位點，占全部突變的35.3%；多數(shù)病例不是表現(xiàn)為單一致病基因變異和單一變異位點，而是同時合并多個致病基因變異或多個致病位點突變，從而合并多種疾病。（6）CNS畸形胎兒病例所對應(yīng)的疾病具有極高罕見性：突變的MAF值均在小數(shù)點后至少 3位數(shù)（0.00X），50%的突變無MAF值收錄，并且病 例的臨床特征高度異質(zhì)性，提示CNS畸形病例的產(chǎn)前診斷和遺傳咨詢的難度系數(shù)大，適合臨床應(yīng)用外顯子組測序技術(shù)進行全譜基因篩查和診斷。病例分享：【1】孕婦吳XX孕29+，超聲提示胎兒右側(cè)腦積

6、水，胎兒頭顱MRI提示腦干發(fā)育不良；染色體微陣列分析結(jié)果：未檢出致病性拷貝數(shù)變異（ Affymetrix CytoScan HD芯片）。WES吉果：基因核酸改 變MAF雜合/ 純合與疾病相關(guān) 性相關(guān)性說明疾病名稱C5orf42c.5557G>A(E27)0.0007雜合較咼無義突變可 能會導致蛋 白翻譯提前終止Joubert 氏綜合征17型.ARc.2863G>A(E16)雜合可能相關(guān)蛋白結(jié)構(gòu)預 測為有害突 變Joubert氏綜合征17型：常染色體隱性遺傳，眼球運動受限；發(fā)作性過度換氣；呼吸模 式異常；多指畸形（一些）；并指畸形（一些）；多趾畸形（一些）；整體發(fā)育遲緩，共濟失 調(diào)；

7、腦部核磁共振顯示磨牙征；腦積水；小腦蚓部發(fā)育不良?！?】孕婦林 XX G2P0A1，孕 13W ；早孕期超聲提示：NT 7.3mm，枕后淋巴管瘤孕晚期超聲提示：做側(cè)腦室增寬（11mm）胎兒染色體核型結(jié)果：46XY;染色體微陣列分析結(jié)果：1號染色體單親二倍體（UPD）外顯子測序結(jié)果：GPSM2c.1216CTGPSM基因Sanger測序驗證父親：11號外顯子C.12163T雜合突變；母親：11號外顯子C.1216C野生型；胎兒：11號外顯子C.12163T純合突變；【3】孕婦孫XX G1P0,孕28+,超聲提示胎兒 Dandy-Walker畸形，功能性單心房室（右心房室）， 肺動脈狹窄，雙上腔靜

8、脈，無脾，胃泡反應(yīng)，考慮右側(cè)異構(gòu)綜合征。胎兒染色體核型結(jié)果：46XY; 外顯子組測序分析結(jié)果：基因核酸改 變MAF雜合/純合與疾病相關(guān) 性相關(guān)性說明疾病名稱DNAH11IVS17-1G>A0純合較咼突變在經(jīng)典 剪切位點上原發(fā)性纖毛 運動障礙7型，AR原發(fā)性纖毛運動障礙 7型（伴或不伴內(nèi)臟異位）；AR,由于纖毛運動受損導致反復呼吸 道感染反復，精神運動發(fā)育遲緩，支氣管擴張，男性生育能力仍然完好，纖毛顯示剛性和運 動過度的軸絲跳動。小結(jié)：1外顯子組測序技術(shù)再產(chǎn)前診斷CNS畸形胎兒病例中能夠顯著提高檢出率，額外檢出強陽性率至少達13.6%，能夠可靠檢出 SNR In del以及低水平CNV變異的嵌合體；2. CNS畸形胎兒病例其致病基因變異的遺傳模式具有多樣性；3. CNS畸形胎兒