腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程

1、腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程 從臨床進(jìn)入基因檢測(cè)流程是 xx ，檢測(cè)結(jié)果結(jié)合臨床信息進(jìn)行合理解讀是出口， 這一入一出之間需經(jīng)歷檢測(cè)前臨床咨詢部分、實(shí)驗(yàn)室部分、信息分析部分、臨床解讀部分共四個(gè)環(huán)節(jié)。其中的第四部分臨床解讀部分即是根據(jù)檢測(cè)結(jié)果、患者信息、醫(yī)生共識(shí)綜合判斷， 臨床和遺傳咨詢有效銜接、充分溝通，最終出具臨床解讀報(bào)告。在做成臨床解讀報(bào)告之前， 首先需要將解讀的各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行明確，包括解讀的步驟流程， 解讀的技術(shù)細(xì)節(jié)。 這樣才有可能真正的做到解讀的規(guī)范化，使解讀過(guò)程有據(jù)可依，有章可循，才能出具一份好的臨床解讀報(bào)告，基因檢測(cè)才能更好的服務(wù)患者和臨床醫(yī)生。從大的框架講，基因檢測(cè)數(shù)據(jù)解讀可分為三個(gè)步驟：

2、原始數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)、 基于數(shù)據(jù)庫(kù)的解讀與患者個(gè)體表征/ 臨床病例結(jié)合的解讀。1、讀懂原始數(shù)據(jù)將測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)（ FASTQ）去除接頭及低質(zhì)量序列，經(jīng) BWA軟件比對(duì)至 GRCh37/38（NCBI版本）或 hg19/hg38（UCSC版本）人類基因組參考序列上， Picard 去除重復(fù)序列，使用 GATK檢測(cè) SNV與 Indel 變異，使用 ANNOVAR進(jìn)行變異注釋。 最后獲得一份 .vcf 文件（圖 。）1腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程圖 1 從測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)到 vcf 文件的流程一份 vcf 文件包含如下基本信息。Chr：變異所在的染色體Start ：變異在染色體上的起始位置End：變異

3、在染色體上的結(jié)束位置Ref：參考基因組的序列：檢測(cè)樣本基因組的序列Alt腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程intronic，（exonic ，F(xiàn)unc.refGene ：變異所處參考基因的功能區(qū)UTR3，UTR5，splicing，upstream ，downstream，intergenic）（此處的 exonic 特指外顯子編碼氨基酸區(qū)， 不包括外顯子的 UTR區(qū)）Gene.refGene ：變異所處參考基因名稱（如果是基因間，則是兩側(cè)的基因）GeneDetail.refGene：非外顯子區(qū)處于特定轉(zhuǎn)錄本中的具體位置（如果是基因間，則是距離兩側(cè)的基因的距離）ExonicFunc.refGene：外顯子

4、區(qū)的變異類型（frameshiftinsertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshiftinsertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果這一欄是一個(gè)“ . ”的話，就說(shuō)明該變異不在外顯子區(qū)AAChange.refGene：氨基酸水平的改變 （同一個(gè)基因可能具有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，氨基酸改變的位置在不同的轉(zhuǎn)錄本中有可能不一樣）經(jīng)注釋后的 vcf 文件還會(huì)包含如下信息：CLINSIG：該變異在 ClinVar 數(shù)據(jù)庫(kù)中的臨床意義（Benign，Likel

5、ybenign ，Uncertain significance，Likelypathogenic， ）Drug-response ，Pathogenic腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程CLINDBN：該變異所引起的疾病名稱CLINACC：該變異的登記號(hào)和版本號(hào)（VariantAccession andVersions ）CLINSDB：該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)名稱CLINSDB：該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)中的IDPopFreqMax：該變異人群中的最大等位基因頻率1000_All ：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率1000_AFR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中xx 人群的等位基因頻率

6、1000_AMR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中xx 人群的等位基因頻率1000_EAS：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中xx 人群的等位基因頻率1000_EUR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中xx 人群的等位基因頻率腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程人群的等位基因xx1000_SAS：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)頻率Snp138：該變異在 dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中的 IDCosmic70：該變異在癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù) COSMIC中的 ID ESP6500siv2_ALL：該變異在 xx 國(guó)家心肺血液研究所的 ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率ESP6500siv2_AA：該變異在 xx 國(guó)家心肺血液研究

7、所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的 xxxx 人群等位基因頻率ESP6500siv2_EA：該變異在 xx 國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的 xxxx 人群等位基因頻率ExAC_All：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率ExAC_AFR：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中 xx 人群的等位基因頻率ExAC_AMR：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中 xx 人群的等位基因頻率ExAC_EAS：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中 xx 人群的等位基因頻率人群的等位基因頻率xx 數(shù)據(jù)庫(kù)中 ExAC：該變異在 ExAC_FIN腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程人群的等位基因頻率ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)xxxxxxExAC_NFE：

8、該變異在 ExAC_OTH：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中除已指定人群之外的人群等位基因頻率ExAC_SAS：該變異在 ExAC數(shù)據(jù)庫(kù) xx 人群的等位基因頻率CG46：該變異在 CG46數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率。CG46是由CompleteGenomics（BGI）公司對(duì) 46 個(gè)樣本的全基因組測(cè)序而建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，截止 2017 年，他們已經(jīng)對(duì)超過(guò) 20000 個(gè)樣本進(jìn)行了全基因組測(cè)序和分析。ICGC_Id：國(guó)際癌癥基因協(xié)作組中各研究的IDICGC_Occurrence：該變異在 ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)中的發(fā)生情況。 該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如 COCA-CN|1|187|0.00535，指 xx 結(jié)直腸癌的研究

9、（ / ），在 187 例患者中有 1 例發(fā)生突變，突變比例為 0.00535Nci60 ：該變異在 nci60 數(shù)據(jù)庫(kù)中的等位基因頻率。Nci60 是被廣泛用于藥物篩選的人類60 種腫瘤細(xì)胞系組合，已經(jīng)進(jìn)行了全外測(cè)序。隨著研究的進(jìn)步， xx 癌癥研究所 NCI 在 2016 年宣布 NCI-60 細(xì) 新模型“上任”。PDX胞系“退休”，腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程算法預(yù)測(cè)的突變所處的保守結(jié)構(gòu)域InterProInterpro_domain：（/）dbscSNV_ADA_SCORE：基于adaptive boosting預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性dbscSNV_RF_SCORE：基于 Rando

10、mForest 預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性。得分代表剪接影響的可能性大小，如果dbscSNV_ADA_SCORE和 dbscSNV_RF_SCORE得分均小于 0.6 ，則對(duì)剪接位點(diǎn)沒(méi)有影響（） 。Omim_phenotype：在 OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中該基因（不是該變異）對(duì)應(yīng)的表型QUAL：測(cè)序質(zhì)量分?jǐn)?shù)，計(jì)算方法為Q = -10log10(e)，可衡量堿基未正確檢出的概率。FILTER：對(duì)變異位點(diǎn)做進(jìn)一步的過(guò)濾。無(wú)論你用什么方法對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾完了之后，在FILTER一欄都會(huì)留下過(guò)濾記錄，如果是通過(guò)了過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)，那么這些通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的好的變異位點(diǎn)的FILTER一欄就會(huì)注釋一個(gè)PASS，如果沒(méi)

11、有通過(guò)過(guò)濾，就會(huì)在FILTER這一欄提示除了 PASS的其他信息（ otherFILTER flag ）。如果這一欄是一個(gè)“. ”的話，就說(shuō)明沒(méi)有進(jìn)行過(guò)任何過(guò)濾腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程INFO&FORMAT：該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_。F2R1GT：基因型，對(duì)于一個(gè)二倍體生物， 0 表示跟 REF一樣，1 表示表示跟 Alt一樣； 2 表示第二個(gè) Alt ；AD：對(duì)應(yīng)兩個(gè)以逗號(hào)隔開(kāi)的值，這兩個(gè)值分別表示覆蓋到 REF和 Alt 堿基的 reads 數(shù)，相當(dāng)于支持 REF和支持 Alt 的測(cè)序 xx；AF

12、：支持 Alt 的測(cè)序 xx 占總測(cè)序 xx 的比例，即等位基因豐度NORMAL：與腫瘤組織對(duì)應(yīng)的正常組織中的信息，一般通過(guò)外周血測(cè)序獲得TUMOR：腫瘤組織中的信息此外還可能包含各種算法對(duì)非同義突變保守性預(yù)測(cè)值，這些算法包括SIFT prediction(T: tolerated; D: deleterious)，PolyPhenHumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possiblydamaging;B: benign)、LTR、MutTaster 、MutationAssessor 、FATHMM、CADD、GERP+等等。2、分析挖掘數(shù)

13、據(jù)對(duì)全外顯子檢測(cè) （或者屬于較大pannelxx 的情況也可以），可以進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷（ Tumor mutationburden ）計(jì)算。臨床研究表明，使用PD1/PD-L1抑制劑等免疫治療藥物時(shí)，具有較高突變負(fù)荷的患者同時(shí)持續(xù)， (PFS)較長(zhǎng)的無(wú)進(jìn)展生存期、 (ORR)具有較好的客觀緩解率腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程臨床療效 (DCB)也更佳。然而，由于目前沒(méi)有統(tǒng)一的腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算方法， 在做縱向比較時(shí)需謹(jǐn)慎。 該分析使用的計(jì)算方法為，腫瘤組織中突變豐度大于等于5%，正常組織中突變豐度小于等于 1%，ExonicFunc.refGene一欄去除“. ”、synonymous SNV、unkn

14、own標(biāo)簽的數(shù)據(jù)， PopFreqMax一欄去除人群等位基因頻率大于0.1%的數(shù)據(jù)（注意保留“ . ”）。此外，免疫治療相關(guān)的一些基因突變（如 EGFR、干擾素信號(hào)通路的JAK、B2M等）值得關(guān)注。對(duì)全外顯子檢測(cè)， 能夠發(fā)現(xiàn)大量的體細(xì)胞突變。 有的突變是致病性的稱為為驅(qū)動(dòng)突變或司機(jī)突變（與之對(duì)應(yīng)的稱為乘客突變或繼發(fā)性突變），這些突變或?qū)е?DNA修復(fù)缺陷，或?qū)е录?xì)胞不受調(diào)控的增殖生長(zhǎng)，或?qū)е录?xì)胞不能正常凋亡，或?qū)е录?xì)胞侵襲性增強(qiáng)，或?qū)е旅庖咛右荨Ｒ蚨鴱拇罅康捏w細(xì)胞突變中鑒定腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因突變既是基因檢測(cè)的重要目的之一， 同時(shí)也是一項(xiàng)艱難的工作。 一般來(lái)說(shuō)一個(gè)腫瘤的發(fā)生其驅(qū)動(dòng)基因突變的數(shù)目為 0

15、-8 個(gè)，且他們不會(huì)分布于同一個(gè)關(guān)鍵的腫瘤相關(guān)信號(hào)通路中（比如 BRAF和 KRAS，比如 APC和 CTNNB1）或并行的兩個(gè)重要信號(hào)通路中（比如 PIK3CA和 KRAS）。一般來(lái)說(shuō)原癌具有較為明顯突變熱點(diǎn)聚集傾向（比如 KRAS和 PIK3CA），而抑癌基因的突變位點(diǎn)較為分散（比如 RB1和 VHL）。對(duì)全外顯子檢測(cè)目前已經(jīng)在腫瘤中得到較為廣泛的應(yīng)用， 如何高效尋找驅(qū)動(dòng)基因突變急需指導(dǎo)和規(guī)范化的文件， 但由于腫瘤細(xì)胞突變多為體細(xì)胞突變，遺傳性突變領(lǐng)域的規(guī)范化文件（后面會(huì)具體講）難腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程以照搬使用。因?yàn)轶w細(xì)胞突變的意義和遺傳性突變的意義比如致病性突變這樣的描述有所不同，比如

16、我們可以采用響應(yīng)藥物的突變（ responsive ）、耐藥突變（ resistant）、驅(qū)動(dòng)性突變（ driver ）、繼發(fā)性突變（ passenger）來(lái)描述突變的意義。值得慶幸的是， 2017 年伊始，分子病理協(xié)會(huì)（ Association for Molecular Pathology, AMP）、xx 臨床腫瘤協(xié)會(huì)（ American Societyof Clinical Oncology）和 xx 病理學(xué)家聯(lián)盟（College ofAmerican Pathologists ）對(duì)高通量測(cè)序在腫瘤診療領(lǐng)域的應(yīng)用從突變記載 （HGVS）、注釋解讀、報(bào)告進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范（）。該指導(dǎo)規(guī)范中

17、對(duì)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù) （如 NCBI）、人群基因頻率數(shù)據(jù)庫(kù)（如 1000G、ExAC）、腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)（如 COSMIC、ICGC）、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)（如 HGMD、ClinVar ）、預(yù)測(cè)軟件（如 PolyPhen2、HumanSplicing Finder ）的使用和注意事項(xiàng)給出了意見(jiàn)。該規(guī)范還推薦對(duì)腫瘤細(xì)胞的體細(xì)胞變異劃分為四個(gè)級(jí)別： 具有確定性臨床意義的突變（variants with strong clinicalsignificance ，Level A 和 LevelB）、可能具有臨床意義的突變（ variants with potential clinicalsignificance ，Le

18、vel C和 LevelD）、臨床意義不明的突變 （variantsof unknown clinical significance）、良性或可能良性的突變（variants deemed benign or likely benign），并詳細(xì)闡述如何將檢測(cè)到突變結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)以歸類到這四個(gè)級(jí)別中。其中具有確定性臨床可能具有臨床意義的突變包括四個(gè)等級(jí)的證據(jù)：/ 意義腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程Level A：可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA批準(zhǔn)的針對(duì)特定類型腫瘤（適應(yīng)癥）的治療的突變；或者已經(jīng)被包括在專業(yè)指南中（如腫瘤的NCCN）作為特定類型腫瘤的治療、診斷或預(yù)后的突變；Level B ，可作為預(yù)測(cè)

19、藥物反應(yīng)或耐藥性的基于充分研究和專家共識(shí)的治療的突變，或者是基于充分研究和專家共識(shí)的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level C ，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA或?qū)I(yè)協(xié)會(huì)批準(zhǔn)的跨適應(yīng)癥的治療的突變， 或者是已經(jīng)作為臨床試驗(yàn)的入組參考標(biāo)準(zhǔn)，或者是基于多項(xiàng)研究的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level D ，基于臨床前研究、案例報(bào)道的可能具有臨床意義的突變；或者有研究表明該突變有助于疾病診斷和預(yù)后判斷。目前，尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變的具體策略可以說(shuō)是多種多樣（圖 2）。通過(guò)尋找熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變（recurrentmutation ）是一種較為確定的策略，相關(guān)的研究證據(jù)較為充分。例如 E

20、GFR的突變主要發(fā)生在胞內(nèi)酪氨酸激酶（ TK）區(qū)域的前四個(gè)外顯子 xx（1821），目前發(fā)現(xiàn)的 TK區(qū)域突變有 30 多種。缺失突變主要發(fā)生在外顯子 19xx，最常見(jiàn)的是 del E746-A750 ，替代突變最常見(jiàn)的是發(fā)生在外顯子 21xx 的L858R，復(fù)制或插入突變發(fā)生在外顯子 20xx。發(fā)生在外顯子 20xx 的替代突變 T790M為耐藥突變，研究還發(fā)現(xiàn)L858Q、D761Y、T854A等基因在乳腺癌、膀胱癌、結(jié)直腸癌、胃癌中主要突HER2耐藥突變。腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程調(diào)，鮮有突變，在 20變方式是擴(kuò)增或者表達(dá)xx30%的乳腺癌中存在HER2基因明顯擴(kuò)增或過(guò)表達(dá)，但是在肺癌中，其激活

21、機(jī)制為擴(kuò)增、過(guò)表達(dá)及點(diǎn)突變，點(diǎn)突變?cè)诜伟┲械陌l(fā)生概率約占2-4%，多發(fā)生在其激酶結(jié)構(gòu)域中，常見(jiàn)的激活性點(diǎn)突變包括p.S310,p.L755 ，p.G776L,p.V777L，p.S855I ，p.N857S 等。BRAFV600E突變臨床意義在 Pubmed 中有 xx 百遍報(bào)道。BRAF突變存在于 1%3%的非小細(xì)胞肺癌中。 V600E是最常見(jiàn)的腫瘤驅(qū)動(dòng)突變，在肺癌中也有多種其他類型的BRAF突變被報(bào)道，包括 G466V、G469A和 D594G。盡管性藥物例如 vemurafenib 在包含 BRAF V600E突變的黑色素瘤中高度有效，但這些藥物對(duì) BRAF 其他位點(diǎn)突變，或者 V600

22、E突變肺癌中的腫瘤驅(qū)動(dòng)活性還需評(píng)估。腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程圖 2鑒定驅(qū)動(dòng)基因突變策略（）熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變?cè)诤芏鄶?shù)據(jù)庫(kù)中有不完全的收錄，這些數(shù)據(jù)庫(kù)有Civic 數(shù)據(jù)庫(kù)， OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)， Personalized cancer therapy數(shù)據(jù)庫(kù)， Clinical Knowledgebase數(shù)據(jù)庫(kù)等等。預(yù)測(cè)變異對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響， 可以作為尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的一種有益補(bǔ)充方法。比較常見(jiàn)的預(yù)測(cè)工具如 SIFT、PolyPhen2、 MutationAssessor 等等，這些算法的原理一般是基于氨基酸的進(jìn)化保守性，有的考慮到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能（例如 TP53蛋白的有害突變多位于 DNA結(jié)合

23、結(jié)構(gòu)域），還有的會(huì)考慮蛋白的空間結(jié)構(gòu)。對(duì)于檢測(cè)到的變異各算法預(yù)測(cè)值在上述的 vcf 文件中可查閱。對(duì)于 SIFT，值越小變異有害性的可能性越大，推薦閾值0.05 ；對(duì)于 PolyPhen2，值越大變異有害性的可能性越大，推薦閾值0.3 ；對(duì)于MutationAssessor，值越大變異有害性的可能性越大，推薦閾值8，需要注意的是，不同的參考文獻(xiàn)閾值可能不同（）。將基因放在信號(hào)通路中分析， 這對(duì)于不是十分常見(jiàn)的小眾腫瘤驅(qū)動(dòng)基因?qū)ふ矣泻艽髱椭?。在xx，每年有大約 18,000 名患者被確診為腦膜瘤。它們約占原發(fā)性腦腫瘤的三分之一，女性患病比率高一倍。但是一直以來(lái)對(duì)于腦膜瘤的遺傳突變了解甚少。在一項(xiàng)

24、研究中（），科學(xué)家們對(duì) 17 個(gè)腦膜瘤樣本進(jìn)行了全基因組或是外顯子組測(cè)序。在這些腫瘤中發(fā)現(xiàn)改變基因后， 研究人員隨后又對(duì)另外兩組腫瘤進(jìn)行了測(cè)序。研究人員發(fā)現(xiàn)，相比大多數(shù)類型的腫瘤，腦膜瘤具有較少數(shù)量腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程的遺傳改變或損傷。在一些腫瘤中，他們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)在已知致癌信號(hào)通路中發(fā)揮作用的基因存在突變。 在 3 個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)的 SMO，是 Hedgehog信號(hào)的成員。在 5 個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)了 AKT1，該基因參與了與乳腺癌、結(jié)直腸癌和肺癌相關(guān)的PI3K-AKT-mTOR信號(hào)。第 6 個(gè)腫瘤具有一個(gè)從前已知的，與mTOR信號(hào)通路相關(guān)的突變。總的來(lái)說(shuō)，這些突變基因信號(hào)通路構(gòu)成了所研究的15%腦膜

25、瘤的重要驅(qū)動(dòng)子。對(duì)于遺傳性腫瘤，可以借助遺傳病致病基因鑒定的方案，流程即1、了解臨床資料2、核心表型轉(zhuǎn)化為中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)(CHPO)3、基因檢測(cè)及其質(zhì)控4、生信分析5、遺傳學(xué)分析，包括xx 候選基因、遺傳變異位點(diǎn)分析解讀和家系驗(yàn)證6、表型相似度分析。2013年ACGM推薦的與遺傳性腫瘤 / 遺傳病相關(guān)基因包括 BRCA1、BRCA2、TP53、STK11、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、APC、MUTYH、VHL、MEN1、RET、PTEN、RB1、SDHC、SDHD、TSC1、TSC2、WT1、NF2等（ PMID：23788249）。查找正常對(duì)照組織突變豐度（ N_Freq）

26、 40%，比對(duì)遺傳性腫瘤相關(guān)突變基因，是否有遺傳性腫瘤相關(guān)胚系突變， 查看并按照下述步驟進(jìn)行確認(rèn)。按照基因名 +c._ 或基因名 +p._ 進(jìn)行 google 搜索或進(jìn)入 NCBI、HGMD、OMIM等網(wǎng)站查閱是否有相關(guān)致病性報(bào)道，按照 ACMG指南進(jìn)行位點(diǎn)致病性判定或可借助 InterVar 在線輔助判定（僅適用于 exon 范圍內(nèi)突變）。發(fā)現(xiàn)遺傳性腫瘤相關(guān)的基因突變，還應(yīng)推薦家族其他直系血親進(jìn)行基因檢測(cè)做進(jìn)一步的確認(rèn)。 腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程 xx 醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（ American Collegeof MedicalGenetics and Genomics, ACMG ）和分

27、子病理協(xié)會(huì)（ AssociationforMolecularPathology,AMP）在 2015 年對(duì)臨床實(shí)驗(yàn)室的基因檢測(cè)進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范 （）。該指導(dǎo)規(guī)范主要就是適用于xx 遺傳病相關(guān)基因變異或者是生殖系變異。 指導(dǎo)規(guī)范推薦記載突變遵循統(tǒng)一的規(guī)范人類基因組變異協(xié)會(huì)（Human GenomeVariation Society, HGVS ），并將變異根據(jù)人群基因頻率（population data）、軟件預(yù)測(cè)（computational data）和功能試驗(yàn)（ functional data）等參數(shù)分為五個(gè)級(jí)別：致病性突變（pathogenic ）、可能致病性突變（likelypathogenic）、意義不明突變（ uncertain significance）、可能良性突變（ likely benign ）和良性多態(tài)性突變（ benign ）。這五個(gè)級(jí)別如何認(rèn)定？該規(guī)范列出了致病性 / 可能致病的各種情況的支持證據(jù)，證據(jù)強(qiáng)度依次包括超強(qiáng)證據(jù)（ PVS1）、強(qiáng)證據(jù)（ PS1-4，注意這里的數(shù)字不代表證據(jù)強(qiáng)度的區(qū)別， 僅表示同一證據(jù)強(qiáng)度的不同的證據(jù)情況，下同）、xx 證據(jù)（ PM