haploview安裝使用說明課件

1、haploview安裝使用說明1haploview 安裝使用說明 131017haploview安裝使用說明2 haploview是一個(gè)進(jìn)行單倍型分析的一個(gè)軟件，該軟件具有如下功能： 1.連鎖不平衡與單倍型分析 2.單倍型人群頻率估算 3.snp與單倍型關(guān)系分析 4.相互關(guān)系的排列測(cè)驗(yàn) 5.可以從hapmap上直接下載基因型信息 haploview安裝使用說明3part 1 安裝 1、軟件： 1） haploview必須在java環(huán)境下才能運(yùn)行，因此在安裝該軟件之前，必須先安裝一個(gè)“java”haploview安裝使用說明4 2）java安裝完之后需要改變環(huán)境變量haploview安裝使用說明

2、5java_home變量：c:program files (x86)javajre6haploview安裝使用說明6classpath變量：c:program files (x86)javajre6libdt.jar;c:program files (x86)javajre6libtools.jar;c:program files (x86)javajre6binhaploview安裝使用說明7path變量：c:program files (x86)javajre6binhaploview安裝使用說明8 3）檢驗(yàn)java環(huán)境是否安裝完成 開始-運(yùn)行-鍵入“cmd” 鍵入命令java _vers

3、ion,java,javac幾個(gè)命令，出現(xiàn)畫面，說明環(huán)境變量配置成功haploview安裝使用說明9haploview安裝使用說明10haploview安裝使用說明11 4）安裝haploview軟件haploview安裝使用說明12haploview安裝使用說明132、haploview使用1）尋找tag snp進(jìn)入hapmap：haploview安裝使用說明14haploview安裝使用說明15haploview安裝使用說明16haploview安裝使用說明17haploview安裝使用說明18haploview安裝使用說明19haploview安裝使用說明20ld plot 表示該基因所

4、以snp 的的連鎖情況，各個(gè)方塊的顏色由淺至深（白紅），表示連鎖程度由低到高，深紅色表示完全連鎖。haploview安裝使用說明21haploview安裝使用說明22haploview安裝使用說明23haploview安裝使用說明242)連鎖不平衡和單倍體分析haploview安裝使用說明25 data file需要輸入的數(shù)據(jù)格式要求6列 1列：家系的id，如果你分析的是無(wú)關(guān)個(gè)體，建議用自然序號(hào)1,2,3.來替代。 2列：個(gè)體的id，做無(wú)關(guān)個(gè)體的研究則每個(gè)個(gè)體的編號(hào)不能重復(fù) 3列，4列：分別表示父親的id 、母親的id，做無(wú)關(guān)個(gè)體的研究，則第三列，第四列都賦值為0。 5列：個(gè)體的性別信息。1代

5、表男性，2代表女性。 6列：個(gè)體的患病狀態(tài)。0表示疾病狀態(tài)未知；1表示個(gè)體未患病，2代表個(gè)體患病。 haploview安裝使用說明26 7列之后，每?jī)闪写硪粋€(gè)snp位點(diǎn) ，由于不能識(shí)別a/c/g/t，只能用數(shù)字表示： 1代表堿基代表堿基a；2代表堿基代表堿基c；3代表堿基代表堿基g；4代表堿基代表堿基t。 缺失數(shù)據(jù)用缺失數(shù)據(jù)用0表示。表示。 haploview安裝使用說明27在excel表格中整理的有關(guān)myd88的snp數(shù)據(jù)，將其copy至txt文檔中，將txt文檔命名為myd88.txt之后更改擴(kuò)展名為myd88.pedhaploview安裝使用說明28整理myd88有關(guān)snp位點(diǎn)，以及snp位點(diǎn)的position將其copy至txt文檔，命名為haploview安裝使用說明29haploview安裝使用說明30haploview安裝使用說明31haploview安裝使用說明32haploview安裝使用說明33haploview安裝使