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Oncomine數(shù)據(jù)庫應(yīng)用實(shí)例 https www oncomine org 介紹 Oncomine是大型腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)庫 涵蓋65個基因芯片數(shù)據(jù)集 4700個芯片及4億8千萬個基因表達(dá)數(shù)據(jù) 可用于分析基因表達(dá)差異 尋找離群值 預(yù)測共表達(dá)基因等 并可根據(jù)腫瘤分期 分級 組織類型等臨床信息進(jìn)行分類 你還可限定分泌型 激酶 膜型等參數(shù) 更有趣的是 還可依據(jù)已知的基因 藥物分析尋找可能的分子標(biāo)記物與治療靶點(diǎn) 下面僅介紹如何分析表達(dá)差異 更多內(nèi)容可參考網(wǎng)站onlinehelp 1 申請賬號 需要非盈利機(jī)構(gòu)郵箱 大學(xué)或研究機(jī)構(gòu)免費(fèi)使用可滿足一般需要 若想導(dǎo)出數(shù)據(jù)需要付費(fèi) 2 鍵入用戶名與密碼 用戶界面 3 限定條件 從primaryfilter analysistype cancervsnormal cancervscancer normalvsnormal三者中選一 在cancertype中選擇你所研究的腫瘤類型 圖一 從samplefilter sampletype中選擇clinicalspecimen 還可進(jìn)一步細(xì)分為組織標(biāo)本 血液標(biāo)本等 在Datasetfilter datatype中選擇mRNA 圖二 在search中鍵入你想要搜索的基因 圖三 圖一 圖二 RPS10 圖三 4 比較 可從groupeby中選擇你感興趣的臨床信息 如選擇cancervsnormal 統(tǒng)計(jì)圖下方1代表癌組織 2代表正常組織 圖四 若要比較多個結(jié)果 請展開箭頭 并將可信的結(jié)果打鉤 圖五 Compare后數(shù)據(jù)庫會自動mata分析并列出結(jié)果 紅色代表高表達(dá) 藍(lán)色則代表低表達(dá) 如圖六示RPS10generank
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